O Conselho de Aragão foi resultado da natureza composta do Império Espanhol, composto de reinos individuais governados por um rei comum, mas cada um mantendo suas próprias leis, costumes e governo. Fernando II, junto com sua esposa Isabel, foi o primeiro governante de Castela e Aragão. Como Fernando II foi coroado rei de Castela antes de se tornar rei de Aragão (1474 e 1479, respectivamente), a maior parte de seu tempo foi gasto na corte real castelhana em Valladolid, e não em Aragão. Esse absentismo real criou problemas no governo e na organização das terras de Aragão. Como resultado, o vice-rei e os sistemas conciliares surgiram para resolver esses problemas administrativos. Em 1494, o Conselho de Aragão foi fundado a partir do que anteriormente era o Conselho Real dos Reis de Aragão. O Conselho era composto por um Tesoureiro-Geral, um Vice-Chanceler e cinco Regentes. Todos esses cargos, exceto o de Tesoureiro-Geral, eram preenchidos por aragoneses nativos. Muitos dos membros do Conselho provinham dos letrados, a classe de advogados com que Fernando e Isabel contavam para a organização administrativa de suas terras. Embora o vice-rei continuasse a ser a administração suprema em Aragão, o Conselho controlava as suas atividades e era o elo entre o vice-rei e o rei. Suas funções incluíam receber relatórios dos vice-reis, aconselhar o rei sobre suas políticas e despachar as ordens do rei para vários territórios. Por meio do Conselho de Aragão, o rei foi capaz de supervisionar territórios que não podia visitar e interagir com os nativos desses locais.[2]
O Conselho de Aragão serviu de base para futuros Conselhos que foram criados à medida que o Império Espanhol se expandia no século XVI. Gaspar de Guzmán, Conde-Duque de Olivares, em seu memorando sobre o governo espanhol para o Rei Filipe IV, disse sobre os conselhos:[2]
Como o rei é representado de diferentes formas, sendo rei de diferentes reinos que foram incorporados à Coroa, preservando suas identidades distintas, é necessário que haja na Corte um Conselho para cada um. Considera-se assim que Vossa Majestade está presente em cada reino.
Conselhos foram estabelecidos não apenas para cada uma das possessões da Espanha (por exemplo Itália, Portugal e Flandres), mas também para assuntos gerais, como o Conselho da Inquisição (para assuntos religiosos), o Conselho de Guerra e o Conselho de Estado. Sob Filipe II, o Conselho de Estado permaneceu bastante pequeno, pois o rei preferia tomar suas próprias decisões. No entanto, sob Filipe III ele cresceu e se tornou a "pedra de sustentação do sistema".[2]
Embora as vantagens do sistema conciliar fossem óbvias, o sistema também tinha as suas desvantagens. Não restou nenhuma associação entre as diferentes partes do império ou tentativa de quebrar as barreiras entre os seus povos díspares. Na verdade, a única coisa que os unia era a presença de um rei comum. Além disso, não houve nenhum esforço para estabelecer um governo comum ou promover laços econômicos e comerciais entre as várias províncias. Os interesses individuais de uma província tiveram prioridade sobre uma medida que poderia beneficiar a todos. Como resultado, no século XVI, tanto em Aragão como noutros territórios governados pelos conselhos, faltava qualquer forma real de associação.[2]