Em 1175Afonso II de Aragão concedeu aos seus habitantes o privilégio de franquia. O Papa Clemente V concedeu aos seus abades - que tinham assento nas Cortes do reino de Aragão - o privilégio do uso da mitra. No mosteiro repousaram os restos mortais de Sancho I Ramírez de Aragão e de Afonso I, "o Batalhador" até serem transferidos para o Mosteiro de San Juan de la Peña e para a igreja de San Pedro el Viejo em Huesca, respectivamente.
Durante a Revolta do conde de Urgell, as tropas mercenárias de Basili de Génova e Menaut de Favars, a serviço do rebelde Anton de Luna i Jèrica atacavam os habitantes de Huesca encerrados no castelo, cercado pelos infantes do conde de Urgell, até que finalmente foram libertados pelas forças de Fernando I de Aragão. O mosteiro ficou abandonado em fins de 1414, quando Fernando I de Aragão decidiu colocá-lo sob sua proteção.
A criação do bispado de Jaca e do bispado de Barbastre conduziu à espoliação de parte de seus bens (1571); o bispo de Huesca reclamou a suspensão e interdição de modo que, em 1609, foram-lhes restituídos. Para revitalizá-lo, em 1599 ali se instalou uma nova comuinidade de apenas cinco membros, continuando a sucessão abacial até fins de 1792.
A mudança de local dos túmulos e o progressivo declínio do edifício sucederam-se após 1835, com a Desamortização na Espanha (processo em que bens de privados, principalmente de ordens religiosas, passaram para a mão do governo) o que levou à espoliação do seu conteúdo e deu origem a um devastador incêndio. Algumas das obras de arte que foram salvas do mesmo encontram-se depositadas no Museu de Osca.
