Pouco depois da morte do pai, concluiu com o imperador romano-germânico um tratado de aliança assinado em Turim pelo conde Philippi por parte do imperador. A base era a Pragmática Sanção pela qual o rei da Sardenha se obrigava com respeito ao imperador, que por sua vez garantia ao monarca a posse de seus Estados hereditários, e dos que lhe haviam sido cedidos pelo Tratado de Londres de 1718. Além disso, o rei da Sardenha, acedendo ao Tratado de Viena de 16 de março de 1731, se comprometia ainda, como o fizera pelo Tratado da Quádrupla Aliança, e pelo estipulado no Tratado de Sevilha, a manter a tranquilidade na Itália e a fazer causa comum com o imperador contra os que perturbassem tal tranquilidade.
Fez novas convenções com Benedito XIV (papa de 1740 a 1759), que antes apoiara o marquês de Ormea, e sempre lhe manifestara amizade. Por duas convenções em 1741, o rei da Sardenha recebeu o vicariato apostólico pelos feudos papais, mediante pagamento de uma renda, e nas questões dos benefícios eclesiásticos, as rendas dos benefícios vagos e sua administração. Apesar de sua amizade, o comissário papal tinha posição difícil em suas relações com o presidente do senado, Caissotti. Finalmente em 6 de janeiro de 1742, o papa deu instruções aos bispos, nas quais ficou sendo dever dos bispos estrangeiros indicar vigários para as partes de suas dioceses no território do Piemonte, diminuindo a jurisdição eclesiástica, e a propriedade da Igreja em terras que fora obtida após 1620 ficou sujeita aos impostos civis ordinários.
Em 1750, o papa desistiu de numerosas rendas que obtinha no Piemonte em troca de pequena indenização. Carlos Emanuel III permaneceu em excelentes relações com Roma, apesar de dificuldades ocasionais. Merlini foi de novo recebido em Turim como núncio e o rei, cuja inclinação era piedosa, buscou promover os interesses da religião, promover a disciplina cristã e apoiar os direitos da Igreja em outras terras.
Casamentos
Casou por procuração em 16 de fevereiro de 1722 e em pessoa em Vercelli em 15 de março de 1722 com Ana Cristina Luísa de Sulzbach, filha de Teodoro de Wittelsbach-Deux-Ponts, Conde palatino de Sulzbach; tiveram um filho, no qual morreu alguns dias depois do parto.