O Campeonato Paraguaio de Futebol de 1999 foi o octagésimo nono torneio desta competição. Participaram onze equipes. O Club Nacional e o Club Libertad foram rebaixados. Os três primeiros colocados do torneio representariam o Paraguai na Copa Libertadores da América de 2000. O sistema de competição era um Apertura e Clausura, porém, com o vencedor do Apertura jogando a finalíssima com o vencedor do Clausura.[1][2]
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