O campeonato foi disputado em quatro fases, sendo:[2]
1ª fase (Classificatória): disputada por todas as 14 equipes, em apenas um grupo (Grupo A) e em turno único. Os 8 primeiros colocados classificaram-se para a 2ª fase e os três últimos classificados foram rebaixados à Divisão de Acesso de 2017.
2ª fase (Quartas-de-finais): disputada pelas 8 equipes melhores colocadas na 1ª fase, em jogo único. Caso persistisse o empate no final do tempo regulamentar, seria feita uma disputa por pênaltis, para definir o semifinalista.
3ª fase (Semifinal): disputada pelas 4 equipes vencedoras da 2ª fase, em jogos de ida e volta. Caso persistisse o empate no final dos dois jogos, seria levado em conta a regra do gol fora de casa. Caso continuasse persistindo o empate, seria feita uma disputa por pênaltis, para definir o finalista.
4ª fase (Final): disputada pelas 2 equipes vencedoras das semifinais, em jogos de ida e volta. Caso persistisse o empate no final dos dois jogos, seria levado em conta o gol marcado fora de casa. Persistindo o empate, seria aplicada uma prorrogação de 30 minutos, divididos em 2 períodos. Caso continuasse o empate, seria feita uma disputa por pênaltis, para definir o campeão. Os três primeiros colocados disputarão a Copa do Brasil de 2017.
* Caso algum dos três primeiros colocados venham a se classificar para a Copa Libertadores da América de 2017, as vagas para a Copa do Brasil de 2017 serão repassadas aos clubes subsequentes na classificação geral.
** Como os cinco primeiros colocados do Campeonato Gaúcho já têm vaga assegurada para alguma divisão do Campeonato Brasileiro, as vagas correspondentes à Série D são destinadas ao São Paulo-RS e Novo Hamburgo
.svg){kind=small}
