Porém, no mesmo ano, o desastre aéreo com o Alianza Lima fez com que El Poeta de la Zurda voltasse aos gramados (Cubillas também voltou da aposentadoria para ajudar o clube, onde também seria o técnico). No ano seguinte, seria emprestado ao Sporting Cristal apenas para jogar a Marlboro Cup, onde os Cervezeros derrotaram Benfica e Barcelona de Guayaquil.
Em 1991, aos 39 anos e com 292 partidas disputadas pelo Alianza, com 145 gols, Cueto encerrou definitivamente sua carreira profissional; somando clubes e seleção, o meia participou de 618 jogos e balançou as redes 294 vezes.