Fundado em 1 de novembro de 2003 com o nome de Sport Clube Madureira, mudou em 2006 sua razão social com o objetivo de resgatar o futebol do Blumenau Esporte Clube, grande expoente do futebol da cidade, mas que, por questões judiciais, não pôde utilizar-se do nome do clube, assim o fazendo de forma semelhante, com a alcunha de Blumenau Sport Club Madureira.
As cores oficiais do time originalmente eram amarelo e preto, e após a reformulação passaram a seguir as cores tradicionais do BEC, que são o verde, grená e branco, simbolizando a união das duas equipes clássicas, o Palmeiras e o Olímpico. O clube fechou suas portas em 2007 por falta de recursos.
Em 2013 voltou ao cenário futebolístico, e em 2015 mudou novamente seu nome, dessa vez para Blumenau Esporte Clube, mesmo nome do extinto clube da cidade.[3]
História
Início
No princípio o clube denominava-se Sport Club Madureira, nome que prevaleceu até 2006, ano em que mudou-se a razão social para Blumenau Sport Club.
O Clube iniciou suas atividades no Campeonato de Futebol Suíço do Bela Vista Country Club, chegando ao auge em 2003 com o tetracampeonato. E foi daí que a vontade de abrir novos caminhos no esporte estimulou a diretoria, antes apenas uma patota, de em 1º de novembro de 2003 se tornar o mais novo clube de futebol profissional até então.
Em fevereiro de 2004 o primeiro jogo e o primeiro gol, marcado por Bicudo. A primeira vitória chegou ao vencer o Clube Atlético Tupy por 2 a 1. Em março de 2004 o primeiro jogo oficial, agora disputando o Campeonato da Integração, e mais uma vitória. Até chegar à final e sagrar-se campeão.
Série B1
Em 2005 a equipe foi mais longe, e egressa na terceira divisão catarinense. A primeira partida foi contra o Maravilha, na cidade de Maravilha, em 15 de maio de 2005, terminando empatada em 1 a 1. Nesse ano, o clube terminou o campeonato na sexta colocação.
Já no ano seguinte o Tricolor alcança o maior feito nos últimos 13 anos do futebol profissional de sua cidade, batendo em casa o Navegantes por 6 a 2 e sagrando-se campeão do returno da Divisão de Acesso do Catarinense de 2006, fazendo com que a torcida emocionada invadisse o gramado e promovesse uma festa já vista no Complexo Esportivo Bernardo Werner. Nesse mesmo campeonato o time termina na terceira colocação.
Volta ao futebol e a primeira final no profissional
Em 2013 foi anunciado a volta do Blumenau Sport Club Madureira, e ficou decidido que a equipe iria disputar a terceira divisão de 2013.[4] Ficando na segunda colocação após turno e returno, decidiu o título contra o Inter de Lages. Na primeira partida vitória por 4 a 0, já na partida de volta derrota por 3 a 1. Como o regulamento do campeonato não previa saldo de gols na fase final, o Inter de Lages precisaria vencer o jogo de volta no tempo normal e empatar na prorrogação. Assim sendo, o Inter venceu por 3 a 1 no tempo normal e na prorrogação segurou o 0 a 0. Desta forma o Inter de Lages conquistou o título daquele ano.[5][6]
Mudança de nome
Em 2015, o Blumenau Sport Club Madureira adotou o nome do extinto clube da cidade, o Blumenau Esporte Clube.[7]
Com problemas extra campo, o clube acabou se perdendo e fechando as portas temporariamente. Além disso, na disputa do Catarinense da segunda divisão de 2015 acabou sendo rebaixado com uma pontuação de -9 pontos por uma decisão do TJD-SC pela escalação irregular de nove atletas.[8]
Primeiro título
No ano de 2017, além de retornar ao futebol, conseguiu de forma invicta vencer o seu primeiro título profissional, o Campeonato Catarinense da Série C, jogando a final diante do CEC/Orleans em pleno Monumental do Sesi.[9] O primeiro jogo da final acabou empatado em 2 a 2. O segundo jogo diante de um grande público presente estava empatado até os 40 minutos do segundo tempo, quando o BEC consegue a virada e aos 45 minutos, ampliar e conquistar o primeiro título da nova era do clube.
Segundo título
Em novembro de 2021, o Blumenau se consagra bicampeão da Série C Catarinense, após vencer o Caravaggio por 1 a 0 no estádio Ervin Blaese em Indaial e empatar o jogo de volta no Heriberto Hülse por 0 a 0. Com o título e a vaga da final, subiu para a segunda divisão de 2022.[10]