José Sadoc Alemany, um padre dominicano, foi designado como primeiro arcebispo de São Francisco. Era um cidadão americano naturalizado que nasceu na Espanha e imigrou para os Estados Unidos em 1840 para trabalhar como missionário em Kentucky, Ohio e Tennessee. Alemany tinha sido Provincial dos Dominicanos Americanos por dois anos, quando ele foi nomeado bispo da Diocese de Monterey em 1850. Alemany estava relutante em vir para a Califórnia, mas o Papa Pio IX disse-lhe: "Onde outros são atraídos pelo ouro, você deve carregar a cruz." Sob sua liderança, a Arquidiocese de São Francisco construiu um sistema extensivo de escolas, orfanatos, hospitais e lares de idosos e outras instituições de caridade.
Em 1884, a Igreja Católica se fortaleceu em São Francisco e no norte da Califórnia. As diversas ordens religiosas presentes na arquidiocese expandiram as instituições paroquias, educativas e caritativas.
Durante a década de 1890, a Igreja Católica na Califórnia foi atacada pela anticatólica Associação Americana de Proteção (APA). Em 1894, uma polêmica foi criada quando os católicos se queixaram de livros anticatólicos sendo usados em escolas públicas. Um sacerdote diocesano, padre Peter Yorke, que era então editor do jornal arquidiocesano, The Monitor, emergiu como o grande defensor dos interesses católicos. Ele publicou uma série de denúncias sobre a APA e engajou-se em debates públicos e desempenhou um papel fundamental como um ativista trabalhista. Na Greve dos Caminhoneiros de 1901, Yorke posicionou a Igreja Católica de São Francisco firmemente ao lado dos empregados, fazendo discursos inflamados para milhares de trabalhadores.
Na manhã de 18 de abril de 1906, a cidade de São Francisco e os seus arredores, sentiram o impacto de um terremoto de 8,4 graus na Escala Richter. Incêndios ocorreram na cidade por três dias após o terremoto. Centenas perderam a vida e 250.000 pessoas ficaram desabrigadas, enquanto dezenas de templos católicos e escolas foram fortemente danificadas.[4]
