Chefiou a Comissão Construtora de Linhas Telegráficas na "Marcha para o Oeste", de 1890 a 1892, tornando-se o responsável pelo recrutamento do então tenente Cândido Rondon.
Revolução Federalista
Convocado para a região sul durante a Revolução Federalista, foi nomeado comandante do 5º Distrito Militar, mas depois por ordens de Floriano Peixoto passou o comando para o Marechal Pego Junior. Carneiro conhecia Pego por suas ideias monarquistas e temeu que este se unisse aos revoltosos, mas isso não ocorreu. Por outro lado, Pego Junior e Vicente Machado, então governador do Paraná, fugiram do estado covardemente e suas tropas, que contavam com mais de mil homens, ficaram desorientadas, acabaram por desertar ou perder-se na fuga. O Paraná e a capital Curitiba estavam sem exército e governantes, só a Lapa estava guarnecida, Carneiro e suas tropas foram cercados na cidade, em um dos mais célebres episódios da vida militar brasileira, conhecido como Cerco da Lapa.
Cerco da Lapa
Foram vinte e seis dias de resistência, com um efetivo militar de 639 praças e patriotas (civis voluntários). Eles foram cercados por três mil homens comandados por Gumercindo Saraiva. A capitulação ocorreu após a morte de Carneiro e pela falta de comida e de munição. A resistência definiu o vencedor, pois atrasou o avanço dos federalistas e permitiu que as tropas legalistas se organizassem e posteriormente derrotassem os revoltosos.
O então Coronel Gomes Carneiro foi ferido, morrendo dois dias depois, em 9 de fevereiro de 1894, ainda dando ordens.[1] Um dia antes, sem o saber, fora promovido a General de Brigada, por bravura. Seus restos mortais se encontram no Panteão dos Heróis, na cidade de Lapa, junto com todos os combatentes, que morreram no cerco ou posteriormente.
... só a Lapa resistia tenazmente, uma das poucas páginas dignas e limpas de todo aquele enxurro de paixões. A pequena cidade tinha dentro de suas trincheiras o Coronel Gomes Carneiro, uma energia, uma vontade, verdadeiramente isso, porque era sereno, confiante e justo. Não se desmanchou em violências de apavorado e soube tornar verdade a gasta frase grandiloquente: resistir até a morte.
Ao saber da queda da Lapa, Marechal Floriano Peixoto exclamou: "Se a Lapa caiu, Gomes Carneiro morreu!"