Na podstawie nagrań pochodzących z czarnej skrzynki Lotu 93 ustalono, że Zijad Dżarrah prawdopodobnie od momentu przejęcia samolotu przez grupę porywaczy odpowiadał za pilotowanie maszyny do celu, którym prawdopodobnie był Kapitol. Zachowały się również taśmy kontroli naziemnej, które zarejestrowały kilka komunikatów w języku angielskim skierowanych do pasażerów lotu 93 z poleceniem zachowania spokoju i informacją, że na pokładzie porywacze mają bombę. Komunikaty te są przypisywane właśnie Dżarrahowi. Obok Dżarraha w kokpicie siedział również drugi terrorysta (przypuszczalnie Saeed al-Ghamdi). Czasem przychodził tam również trzeci porywacz (prawdopodobnie Ahmed al-Nami) z informacjami co działo się z tyłu samolotu. Rozmowy porywaczy prowadzone były w języku arabskim z charakterystycznym akcentem z Zatoki Perskiej. Zijad Dżarrah pozostał przy sterach aż do samego końca. Gdy rozpoczął się bunt próbował utrudnić pasażerom dojście do kokpitu kładąc samolot raz na jedne skrzydło, raz na drugie, do przodu i do tyłu. W ostatnich sekundach przed katastrofą taśma w czarnej skrzynce nagrała odgłosy walki w kokpicie oraz okrzyk: "Allah jest wielki" - przypisywany Dżarrahowi. Po chwili do kokpitu wdarli się pasażerowie, a chwilę później Dżarrah rozbił samolot o ziemię niedaleko Shanksville w stanie Pensylwania około godziny 10:03. Nikt nie przeżył.