Szpital znajdował się u zbiegu ulic Karmelickiej i Mylnej na terenie pomiędzy dawnymi jurydykami Leszno i Nowolipie.
Oryginalnie powstał na wspólnym luterańsko-kalwińskim terenie. W domu mieszczącym się na terenie ówczesnego cmentarza, jedną z izb przeznaczono na salę dla przyjezdnych do Warszawy, którzy zachorowali. W 1792 cmentarz zlikwidowano i przeniesiono na ulicę Młynarską, a na uprzednio uporządkowanym terenie pocmentarnym w 1769 wzniesiono wspólnie ze zborem reformowanym nowy dom drewniany, specjalnie przeznaczony dla chorych. Dom ten w 1785 został rozbudowany od strony ul. Mylnej. W 1807 w wyniku decyzji sądu teren szpitala przypadł luteranom (pozostała część do dziś przynależy kalwinom, zob. parafia Ewangelicko-Reformowana na Lesznie).
W latach 1835−1937 na nowo zakupionej przez zbór ewangelicki posesji, znajdującej się między ulicami Mylną i Nowolipie, wzniesiono nowy budynek szpitala[1]. Nowo wybudowane skrzydło przylegało do kaplicy przycmentarnej. W 1867 doprowadzono oświetlenie gazowe, a w 1869 dwa wodociągi. Ich fundatorami był Michał Kazanowski. W 1893 za sprawą Artura Göbela powstał gmach szpitalny od ulicy Karmelickiej oraz nowa kaplica. W 1924 Emil Gerlach ufundował w szpitalu pracownię rentgenologiczną. W 1925 powstała siedziba Diakonatu dla około 30 wykwalifikowanych sióstr.
W czasie powstania warszawskiego, 1 sierpnia 1944 roku, szpital stał się szpitalem powstańczym[4]. Miał około 35 miejsc leżących[4]. 6 sierpnia 1944 roku, po zniszczeniu budynku przy ul. Królewskiej, placówka została ewakuowana do budynku przy ul. Szpitalnej 5 (róg ul. Przeskok) i częściowo do budynku przy ul. Szpitalnej 8[5]. We wrześniu 1944 roku szpital został ponownie przeniesiony, do kamienicy Jasieńczyka-Jabłońskiego przy ul. Mokotowskiej 12 (metodyści) i 16 (mieszkanie Kazimiery Kluczyńskiej)[5]. W drugiej połowie września w szpitalu zorganizowano oddział dla zakaźnie chorych[5]. 3 października 1944 roku, po kapitulacji powstania, część chorych wraz z personelem i pastorem ks. Zygmuntem Michelisem znalazło się w obozie w Pruszkowie. skąd trafili do Milanówka[5].
Upamiętnienie
Tablica Nowolipie 9/11
Na budynku przy ulicy Nowolipie 9/11 (od strony ulicy Karmelickiej) znajduje się tablica upamiętniająca Szpital:
W tym miejscu stał w latach 1736-1943 Szpital Ewangelicki. Był zawsze ostoją miłosierdzia, człowieczeństwa i wiary w czasach, kiedy spełniał się nazistowski wyrok zagłady. Wierny swej wiekowej misji ratował ludność żydowską z ginącego getta. Tablica upamiętnia męstwo, dobro i uczciwość tych, którzy dochowali wierności Bogu i ludziom w najtrudniejszych chwilach wojny. Ufundowano ją ku czci braterstwa i wspólnoty w cierpieniu z Żydami, których świat nie potrafił ocalić. Fundacja Szpital Ewangelicki w Warszawie, Miasto Detmold, powiat i kościół ewangelicki Lippe, Parafia Ewangelicko-Augsburska św. Trójcy w Warszawie.
Skwer Szpitala Ewangelickiego
Rada Warszawy 29 sierpnia na XVII sesji rady podjęła Uchwałę nr XVII/451/2019 w sprawie nadania nazwy skwer Szpitala Ewangelickiego terenowi zlokalizowanemu pomiędzy ulicami Nowolipie, Karmelicką i aleją „Solidarności”[6].