Urodził się w 1902 roku w Donji Vakuf na terenie Bośni i Hercegowiny. Podobnie jak jego bracia Cedomil i Milivoj po ukończeniu szkoły średniej zdecydował się wstąpić do seminarium duchownego. 5 kwietnia 1925 roku otrzymał święcenia kapłańskie, a następnie został skierowany przez arcybiskupa Ivana Šaricia skierowany an studia specjalistyczne do Rzymu na Papieski Uniwersytet Gregoriański, które ukończył w 1928 roku uzyskując stopień naukowy doktorafilozofii. Po powrocie do Bośni i Hercegowiny uczył jako katecheta religii w Sarajewie, a także był redaktorem miejscowego tygodnika katolickiego[2].
18 sierpnia 1940 roku w trakcie II wojny światowej został mianowany ordynariuszem skopijskim. Obszar jego diecezji w tym czasie znajdował się pod okupacją niemiecką oraz bułgarską. W tym czasie dochodziło do masowej eksterminacji Żydówmacedońskich. Starał się temu zapobiec, jednak nieskutecznie. Udało mu się uchronić od wywózki do Auschwitz grupę dzieci, które ukryto na terenie klasztorów[2].
12 czerwca 1969 papież Paweł VI mianował go koadiutor arcybiskupa metropolity wszechbośniackiego Ivana Šaricia, przyznając mu tytuł arcybiskupa tytularnego Thibuzabetum oraz zwalniając z funkcji ordynariusza skopijskiego. Rządy metropolitarne w Sarajewie objął po śmierci swojego poprzednika 13 stycznia 1970 roku, odbywając uroczysty ingres do archikatedry[1].
Smiljan Franjo Čekada zmarł w wieku 73 lat w 1976 roku i został pochowany w grobowcu rodzinnym na miejskim cmentarzu w Sarajewie. Dopiero 28 października 2011 roku jego szczątki zostały uroczyście pochowane u boku jego poprzedników w podziemiach archikatedry sarajewskiej[2].
