RT-LAMP

RT-LAMP (ang. Reverse Transcription Loop-mediated Isothermal Amplification) – metoda powielania łańcuchów RNA polegająca na reakcji odwrotnej transkrypcji przy jednoczesnej reakcji amplifikacji cDNA w temperaturze 60-70 °C. Metoda wykorzystywana w detekcji wirusów RNA, m.in. COVID-19 czy wirusa Ebola.

Metoda RT-LAMP pozwala na wykrywanie specyficznych dla danego wirusa fragmentów sekwencji RNA (a co za tym idzie samego wirusa), co jest możliwe poprzez porównywanie fragmentów sekwencji ze zsekwencjonowaną sekwencją dostępną w odpowiednich bazach danych.

Diagnostyka COVID-19

Metoda RT-LAMP jest wykorzystywana w diagnostyce COVID-19 jako tańsza i szybsza alternatywa dla testów opartych na PCR. W przeciwieństwie do, na przykład, testów immunologicznych metoda RT-LAMP może być wykorzystywana do wczesnej diagnozy obecności wirusa w organizmie na podstawie wymazu z nosogardzieli bądź bezpośrednio ze śliny; testy oparte na metodzie RT-LAMP nie wymagają wcześniejszej izolacji odpowiednich fragmentów RNA.

Testy oparte na RT-LAMP wykorzystywane są na szerszą skalę w takich krajach jak Wielka Brytania[1], Francja[2] czy Paragwaj[3]. W Polsce, w listopadzie 2020 firma Inno-Gene przeprowadziła pilotażowe testowanie w zakładzie grupy Pesa testami opartymi na RT-LAMP[4].

Diagnostyka chorób zwierzęcych

Metodę RT-LAMP wykorzystano eksperymentalnie do detekcji pewnych nowych wirusów typu BYD u kaczek[5][6][7]. W 2013 metodę wykorzystano w Chinach do wyizolowania przenoszonego przez owady wirusa Akabane u płodów krowich[8].

Przypisy

  1. ↑ Rapid evaluation of OptiGene RT-LAMP assay (direct and RNA formats) [online], GOV.UK [dostęp 2024-04-03] (ang.).
  2. ↑ COVID-19 : la HAS favorable à une utilisation plus large des tests « rapides » [online], Medscape [dostęp 2024-04-03] (fr.).
  3. ↑ Lim Chang-won, Paraguay's main gateway to set up S. Korea's fast COVID-19 screening system [online], Aju Press, 28 października 2020 [dostęp 2024-04-03].
  4. ↑ Inno-Gene ruszyło z testowaniem [online], Puls Biznesu, 3 kwietnia 2024 [dostęp 2024-04-03] (pol.).
  5. ↑ Yasuyoshi Mori, Tsugunori Notomi, Loop-mediated isothermal amplification (LAMP): a rapid, accurate, and cost-effective diagnostic method for infectious diseases, „Journal of Infection and Chemotherapy”, 15 (2), 2009, s. 62–69, DOI: 10.1007/s10156-009-0669-9, PMID: 19396514, PMCID: PMC7087713 [dostęp 2024-04-03] (ang.).
  6. ↑ Naveen K. Vaidya i inni, Transmission Dynamics of the Recently-Identified BYD Virus Causing Duck Egg-Drop Syndrome, Andrew J. Yates (red.), „PLoS ONE”, 7 (4), 2012, e35161, DOI: 10.1371/journal.pone.0035161, ISSN 1932-6203, PMID: 22529985, PMCID: PMC3329443 [dostęp 2024-04-03] (ang.).
  7. ↑ Tao Jiang i inni, Development of RT-LAMP and real-time RT-PCR assays for the rapid detection of the new duck Tembusu-like BYD virus, „Archives of Virology”, 157 (12), 2012, s. 2273–2280, DOI: 10.1007/s00705-012-1431-7, ISSN 0304-8608 [dostęp 2024-04-03] (ang.).
  8. ↑ Jun Qiao i inni, Rapid detection of Akabane virus by a novel reverse transcription loop-mediated isothermal amplification assay (RT-LAMP), „Virology Journal”, 10 (1), 2013, DOI: 10.1186/1743-422X-10-288, ISSN 1743-422X [dostęp 2024-04-03] (ang.).