PN Kinabalu leży na wysokości 600–4101 m n.p.m[3]. Najbliższym miastem jest Kota Kinabalu, znajdujące się 90 km od parku[4].
Flora
Do wysokości 1200 m n.p.m. na obszarze PN Kinabalu przeważa las z obecnością dwuskrzydlcowatych (Dipterocarpaceae). Na wysokości 1200–2350 m n.p.m. występuje las podgórski, cechujący się obecnością dębów (Quercus), mirtów (Myrtus) oraz różnorodnych roślin iglastych. Następnie do wysokości 3000 m n.p.m. występuje górski las z licznymi rododendronami. Wraz ze wzrostem pojawiają się głównie łąki i skarłowaciałe drzewa porośnięte mchem. Powyżej 3700 m n.p.m. rośliny nie występują[4].
W Parku Narodowym Kinabalu rośnie wiele gatunków roślin mięsożernych, w tym dziewięciu przedstawicieli Nepenthes, w tym dzbanecznik radży (N. rajah) i Nepenthes lowii. Odnotowano około 1500 gatunków storczykowatych (z czego 77 jest endemicznych dla parku), m.in. Bulbophyllum minutissimum, którego kwiaty mierzą 4-5 mm i pięciu przedstawicieli Paphiopedilum. Prócz tego stwierdzono 608 gatunków paproci, 24 gatunki rododendronów (z czego 5 endemicznych), 52 gatunki palm, 30 gatunków imbirów, 10 gatunków bambusów, 78 gatunków fikusów (spośród 135 występujących na Borneo) oraz trzy gatunki bukietnic (Rafflesia)[4]. Jeden z gatunków drzew, Koompassia excelsa, dorasta do 90 m wysokości i pomieścić może ponad 100 pszczelich gniazd[5].