W miejscu gdzie dziś wznoszą się zabudowania kościelne było rozległe pole przy ul. Ateńskiej, które stanowiło plac rekreacji i spacerów mieszkańców pobliskiego Osiedla Ateńska. W 1997 roku zadecydowano o reorganizacji administracyjnej parafii na Saskiej Kępie, która była za duża i przeznaczeniu na cel budowy nowej świątyni wyżej wymienionego obszaru. Pod koniec 1997 roku ruszyły prace budowlane w wyniku, których wzniesiono kaplicę św. Faustyny oraz budynek domu parafialnego stanowiące filię parafii rzymskokatolickiej Matki Bożej Nieustającej Pomocy. 6 września 1998 roku biskupKazimierz Romaniuk dokonał ich poświęcenia. 7 kwietnia 2002 roku ordynariusz diecezji warszawsko-praskiej dokonał poświęcenia kościoła Miłosierdzia Bożego wybudowanego według projektu Macieja Krasińskiego, a następnie 29 czerwca 2002 roku wydał dekret o erygowaniu nowej parafii i powołał pierwszego proboszcza ks. Jerzego Banaka.
W latach 2002−2007 parafia była miejscem ekumenicznych spotkań przedstawicieli kościołów chrześcijańskich z Polski i zagranicy organizowanych w ramach Ekumenicznych Dni Biblijnych. Po translokatach w diecezji warszawsko-praskiej w 2007 roku nowym proboszczem parafii został ks. Zygmunt Podstawka, który od 2009 roku pełnił funkcję dziekanadekanatu grochowskiego diecezji warszawsko-praskiej.
