Na przełomie XIV i XV w. dokonała się afiliacja kościoła Św. Krzyża na przedmieściach Ciężkowic do kościoła miejskiego. Tym samym ustanowiono tylko jedną parafię. W 1784 roku spłonął kościół Św. Krzyża, którego już nie odbudowano. W Ciężkowicach został już tylko jeden kościół pod wezwaniem św. Andrzeja, który z biegiem lat uległ częściowemu zniszczeniu[2].
W 1830 roku w mieście wybuchł pożar, który nie oszczędził również kościoła. Pod koniec XIX wieku rozpoczęto prace nad przywróceniem dawnej świetności kościołowi parafialnemu, ale gdy usunięto rusztowanie, dnia 4 kwietnia 1893 roku wieża runęła aż do fundamentów[2].
Obecny kościół powstał w latach 1901–1904, a konsekrował go w 1904 biskup tarnowski Leon Wałęga[1]. Do parafii należą również kościoły w Kipsznej i Ostruszy.
Proboszczem parafii od 1998 jest ks. Jan Zając[1].