Obserwatorium założone zostało staraniem prof. Władysława Dziewulskiego i prof. Wilhelminy Iwanowskiej, pracowników naukowych toruńskiego uniwersytetu, a poprzednio Uniwersytetu Stefana Batorego w Wilnie. Wystąpili oni z apelem o pomoc w wyposażeniu tworzonej placówki. W 1947 roku wypożyczyli na 100 lat od Harvard College ObservatoryastrografHenry'ego Drapera pochodzący z 1891 roku. Astrograf został uruchomiony w 1949 roku. Pierwsza przesyłka z książkami, czasopismami i mapami nieba dotarła z biblioteki Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, która to ofiarowała posiadane dublety[1]. Podjęto decyzję o zlokalizowaniu obserwatorium astronomicznego w miejscowości Piwnice, ok. 13 km na północ od Torunia. Pomiędzy Piwnicami a Toruniem znajduje się pas lasów, w tym rezerwat przyrody Las Piwnicki o obszarze ponad 37 ha, ograniczający wpływ miasta na obserwacje[potrzebny przypis]. W 1957 roku zbudowano budynek z pomieszczeniami biurowymi, technicznymi i noclegowymi. Pięć lat później zaczął działać teleskop 90 cm systemu Schmidta-Cassegraina. W 1989 roku uruchomiono teleskop systemu Cassegraina 60 cm[2].
Od 2003 roku Obserwatorium realizuje unikatowy w skali świata projekt przeszukiwania nieba na częstotliwości 30 GHz w ramach programu Unii Europejskiej FARADAY[potrzebny przypis].
Od 1 października 2019 roku, zarządzeniem Rektora UMK, Obserwatorium Astronomiczne UMK funkcjonuje jako Instytut Astronomii[potrzebny przypis].
W 2020 roku radioteleskop RT4 przeszedł gruntowną renowację[3].
Wyposażenie
Centrum astronomii umieszczono w zabytkowym XIX-wiecznym dworze, a w otaczającym go parku jesienią 1947 roku rozpoczęto budowę pierwszego budynku z rozsuwaną kopułą. Kolejne pawilony kryjące teleskopy optyczne, umieszczone w kopułach z rozsuwanymi dachami zbudowano w latach 50. i 60. XX wieku[potrzebny przypis].
astrograf Henry’ego Drapera, najstarszy w Obserwatorium, wypożyczony Obserwatorium w Piwnicach na 100 lat z Obserwatorium Harvardzkiego, odrestaurowany w 2018 roku przez studentów pracowników i studentów działających w Pracowni Konserwacji Zabytków Metalowych (Wydziału Sztuk Pięknych UMK) Koło Naukowe Studentów Konserwacji i Restauracji Dzieł Sztuki UMK, Wydział Sztuk Pięknych UMK w Toruniu.