Świątynia została zbudowana w 1905 roku jako ewangelicki Kościół Wniebowstąpienia (niem.Himmelfahrtskirche). Budowa kosztowała 205 tysięcy marek. Jedna trzecia kosztów została pokryta przez pruski rząd. W czasie II wojny światowej budowla została zniszczona[2].
W 1946 roku kościół został przejęty przez Zakon Braci Mniejszych (Franciszkanów-Reformatów) z Prowincji Matki Bożej Anielskiej z siedzibą w Krakowie (ul. Reformacka 4). Po odbudowaniu i przystosowaniu dla potrzeb kultu rzymskokatolickiego kościół został uroczyście poświęcony w dniu 18 kwietnia 1949 roku przez administratora diecezji gdańskiej, księdza infułata Andrzeja Wronkę. Świątynia otrzymała wtedy wezwanie: Misyjny Kościół Morski pod wezwaniem Niepokalanego Serca Maryi.
↑Gdańsk. Prowincja św. Franciszka z Asyżu Zakonu Braci Mniejszych w Poznaniu. [dostęp 2014-07-25]. [zarchiwizowane z tego adresu (2014-08-26)]. (pol.).