Swoją karierę piłkarską Mohammadi rozpoczął 2002 roku w klubie Persepolis FC. Następnie był zawodnikiem juniorskich drużyn Damash Teheran i Niroye Zamini Teheran. W 2013 roku awansował do pierwszego zespołu tego drugiego i w sezonie 2013/2014 grał w nim w Azadegan League (II poziom rozgrywkowy). Latem 2014 zmienił klub i został zawodnikiem Rah Ahan Teheran. Swój debiut w nim zaliczył 31 lipca 2014 w przegranym 1:2 domowym meczu z Esteghlalem. W Rah Ahan grał do końca 2015 roku.
Na początku 2016 roku został piłkarzem rosyjskiego klubu Terek Grozny. Kosztował 300 tysięcy euro. W klubie tym swój debiut zaliczył 2 kwietnia 2016 w wygranym 3:2 domowym meczu z Anży Machaczkała.
22 lipca 2019 roku, za pośrednictwem swojej oficjalnej strony internetowej, belgijski zespół KAA Gent poinformował o pozyskaniu Milada Mohammadiego na zasadzie wolnego transferu. Umowa zawodnika z klubem ma trwać do 2022 roku[1].