Według Marie-Dominique'a Philippe'a OP refleksja teologiczna o miłości chrześcijańskiej doznała straty u progu ery nowożytnej, gdy pod wpływem Williama Ockhama uprawianie teologii odeszło od poszukiwań metafizycznych do analiz czysto logicznych. Teologia zamknęła się na kontemplację, gdyż obraca się w kręgu idei i pojęć, nie sięgając samej rzeczywistości – o której mówi:
Prymat logiki prowadzi do prymatu idei; kiedy zaś idea staje się pierwsza, miłość nie może już być tym, czym powinna. Krótko mówiąc, pozbawiając poznanie intelektualne i metafizykę realizmu, logika Ockhama spowodowała natychmiastowy upadek teologii. Dopóki logika pozostaje narzędziem, jest oczywiście czymś wspaniałym. Kiedy tylko jednak zajmie miejsce metafizyki, zabija wszelkie spojrzenie na miłość. W istocie Ockham przekazał teologię, która nie mogła już mówić o Duchu Świętym i o miłości tak jak powinna[1].
W 2013 r. przełożony generalny Wspólnoty św. Jana o. Thomas Joachim poinformował, że „o. Philippe czasem podejmował działania sprzeczne z czystością wobec dorosłych kobiet, którym towarzyszył”, chodzi tutaj o kobiety których był kierownikiem duchowym[2]. o. Thomas-Joachim w wywiadzie dla chrześcijańskiego tygodnika „La Vie” powiedział: „Chociaż jego życie było mniej przykładne, niż sądziliśmy, ojciec Marie-Dominique Philippe pozostaje naszym założycielem”.
Kapituła generalna zgromadzenia obradująca pod koniec października 2019 r. w Saint-Jodard w Owernii pod przewodnictwem br. François-Xaviera Cazaliego rozpoznała, że zarzuty wobec założyciela zostały niestety potwierdzone. Ojciec Marie-Dominique dopuszczał się nadużyć seksualnych wobec licznych kobiet zarówno należących, jak i nienależących do Wspólnoty św. Jana. Dochodziło do nich w kontekście kierownictwa duchowego i były wyrazem „nadużycia władzy i sumienia”[3].
Peltereau-Villeneuve, Benoît-Emmanuel; Schwizgebel, Ariane: Le père Marie-Dominique Philippe, ouvrier de la sagesse. Philippe-Marie Mossu (wstęp). Les Plans (Szwajcaria): Parole et Silence Editions, 2012. ISBN 2-88918-070-0. Brak numerów stron w książce
