Najstarsza znana wzmianka o miejscowości pochodzi z 935, po raz pierwszy nazwana miastem w 1239[1]. Mühldorf należało do archidiecezji Salzburga (księstwo arcybiskupie od 1213), której częścią pozostawało do 1802, gdy zostało włączone do Elektoratu Bawarii[1]. W 1257 w mieście schronili się żołnierze czescy, następnie oblegani przez Bawarczyków. Konflikt zażegnano dzięki pośrednictwu arcybiskupa salzburskiego. Miasto ucierpiało w pożarach w 1285, 1495 i 1640[1]. W 1322 w pobliżu miasta stoczona została bitwa, w której Bawarczycy pokonali Austriaków. W 1364 Bawarczycy oblegali miasto[2].
W epoce napoleońskiej na mocy umowy francusko-bawarskiej z 1802 miasto włączono do Bawarii. Austriacy jeszcze zajmowali miasto na krótko w 1805 i 1809. W 1871 wraz z Bawarią znalazło się w granicach Niemiec, otwarto wówczas linię kolejową łączącą z Monachium i Simbach am Inn[2]. W trakcie II wojny światowej miasto zostało częściowo zniszczone wskutek dwóch nalotów, a u schyłku wojny zostało zdobyte przez wojsko amerykańskie.
Zabytki
Brama Monachijska (Münchner Tor) z XII lub XIII w., najstarszy budynek w mieście[1]
Kościół św. Mikołaja, sięgający XIII w., romańsko-gotycki
Kaplica św. Jana Chrzciciela z XIV w., gotycka rotunda
Ratusz
Kościół św. Wawrzyńca z XVI w., gotycki
Kościół św. Katarzyny z XV w., przebudowany w XVIII w. w stylu barokowym[2]