Kolonia została założona w 756 p.n.e., a następnie ponownie w roku 676 p.n.e. po zniszczeniu przez Kimerów. Polis należała do Związku Ateńskiego. W epoce hellenistycznej miasto zostało przyłączone do Pergamonu. W okresie Cesarstwa Rzymskiego w Kyzikos znajdowała się mennica, w której bito monety dla całego państwa. Po zniszczeniach doznanych wskutek licznych trzęsień ziemi, miasto zostało odbudowane przez cesarza Hadriana. Słynęło z pozyskiwania elektronu i produkcji wełny.
W 670 roku Kyzikos został zajęty przez Arabów. W latach 674-678 stacjonowała tam flota arabska. Opanowany na przełomie 1206 i 1207 roku przez Henryka de Hainaut, w 1207 roku na mocy rozejmu został zwrócony Teodorowi Laskarisowi. W 1304 roku w rejonie Kyzikos toczyły się walki pomiędzy Rogerem de Flor a Turkami.
