Wieś ma rodowód średniowieczny[5]. Kodeks dyplomatyczny Wielkopolski odnotowuje w roku 1326 wieś pod nazwą Cobaczno[5]. Miejscowość należała do dystryktu drożyńskiego i występowała wówczas także pod nazwami: Kubaczyn, Kubaczina, Cubaczino[5]. Była to własność szlachecka. Król Władysław Łokietek nadał w 1326 immunitet ekonomiczny i sądowniczy Marcinowi zwanemu Domasławic dla jego dziedziny Adamowice w dystrykcie drużyńskim, do której należało m.in. ówczesne Cubaczino[5].
W dokumentach z XV wieku wymieniane są w Kubaczynie: sad, ostrów (w znaczeniu: zarośnięta wyspa rzeczna), zapust, łąki, staw rybny, struga Mogilnica oraz pola w stronę m.in. wsi Drożyn (dziś Drużyń), Kotowo i Ząbrsko (Zemsko)[5]. W 1566 roku wzmiankowany jest tu dwór zwany Obórką, Dół Kuszczyński oraz droga granowska[5].
W „Księdze uposażenia diecezji poznańskiej z roku 1510" wieś jest indeksowana pod nazwami Cubaczino lub Kubaczino, z adnotacją, że należała wówczas do parafii w pobliskim Drużyniu[6].
W książce „Transakcje chłopami w Rzeczypospolitej szlacheckiej (w. XVI - XVIII)” cytowany jest zapis przekazania pewnego chłopa zamieszkałego w XVI w. w Kubaczynie[7]:
Gniezno 29 VIII 1571 Bracia kanonik Jan i Stanisław Kokalewscy dają Wojciechowi Przyjemskiemu, kasztelanowi lądzkiemu, Marcina Gąskę ze wsi Kubaczyn.
„Opisanie historyczno-statystyczne Wielkiego Księztwa Poznańskiego” (wyd. 1846) zalicza Kubaczyn do wsi mniejszych w ówczesnym pruskim powiecie bukowskim, który dzielił się na cztery okręgi (bukowski, grodziski, lutomyślski oraz lwowkowski)[9]. Kubaczyn należał do okręgu bukowskiego, majętności granowskiej, której właścicielem była wówczas Klaudyna Potocka[9]. Według tej publikacji, wieś liczyła wówczas 91 mieszkańców i 11 dymów (domostw)[9].
„Słownik geograficzny Królestwa Polskiego i innych krajów słowiańskich” notuje pod hasłem Kubaczyn wieś i folwark, które usytuowane były tuż obok siebie[10]. Według tej publikacji, Kubaczyn liczył 14 domów i 79 mieszkańców (wszyscy wyznania katolickiego, 14 analfabetów)[10]. Wieś należała wówczas, podobnie jak dziś, do gminy Granowo, która przynależała z kolei do ówczesnego powiatu bukowskiego utworzonego przez pruską administrację zaborczą[10]. Najbliższa poczta działała wówczas w odległości 2 km w Granowie, natomiast stacja kolejowa oraz telegraf – w Grodzisku (oddalonym o 8 km)[10]. Wzmiankowany osobno folwark Kubaczyn liczył wówczas 3 domy oraz 42 mieszkańców[10].