Krypta powstała podczas budowy baldachimowego ołtarza świętego Stanisława w latach 1626–1629, z przeznaczeniem na grób biskupa Marcina Szyszkowskiego, fundatora budowy. Oprócz biskupa, pochowanego w tym miejscu w roku 1630, spoczęli tu również członkowie jego rodziny, m.in. Piotr Szyszkowski (zm. 1645) z żoną, a samą kryptę nazywano grobem Szyszkowskich.
Rodowy charakter krypta utraciła w roku 1699, gdy pochowano w niej biskupa Jana Małachowskiego. Odtąd kryptę zaczęto określać jako grób biskupów krakowskich.
W późniejszym czasie w krypcie spoczęli kolejni, choć nie wszyscy, biskupi krakowscy:
