W październiku 1840 roku przybył do Biblioteki Narodowej w Paryżu i poprosił o udostępnienie Kodeksu Efrema, dotychczas nie do końca odczytanego. Tischendorf odczytał go w całości, a pracę swoją ukończył w styczniu 1843 roku. Od tej pory nikomu to się nie udało ponownie. Tekst Kodeksu Efrema, nawet w ultrafiolecie, nie zawsze jest czytelny.
Po odczytaniu Kodeksu Efrema stał się słynny i próbował uzyskać dostęp do Kodeksu Watykańskiego. Zezwolono mu dopiero w roku 1866.
W 1844 roku wyruszył na Synaj i dokonał tam – w Klasztorze św. Katarzyny – swego największego odkrycia – Kodeksu Synajskiego. Ostatecznie dopiero w 1859 roku udało mu się go sprowadzić w całości. Przy badaniach nad tym kodeksem zauważył, że – Kodeks Synajski nie posiada dwóch ostatnich wierszy Ewangelii Jana – przedostatni wiersz Ewangelii Jana (21,24) pierwotnie znajdował się w tekście kodeksu, został jednak starty i zamazany kolofonem. Nikt mu wtedy w to nie uwierzył, ale w latach 30. XX wieku, Milne i Skeat, którzy do badań tekstu zastosowali lampę ultrafioletową, przyznali, że Tischendorf miał rację.
W 1850 roku wydał tekst Nowego Testamentu Kodeksu Amiatyńskiego (w 1854 roku wydanie poprawione)[1].
Opublikował osiem wydań greckiegoNowego Testamentu. Trzy pierwsze wydania zbliżone są do tekstu ustalonego przez Lachmanna, cztery zaś następne wykazują pewne pokrewieństwo z textus receptus. Największym osiągnięciem jest Editio octavo critica maior (1869 – 1 tom, 1872 – 2 tom), będące reprodukcją Kodeksu Synajskiego. Aparat krytyczny uwzględnia nie tylko liczne rękopisy, ale również cytaty ojców Kościoła. Aż po dziś dzień jest to najpełniejsze wydanie greckiego tekstu Nowego Testamentu, nie uwzględnia jednak wcześniejszych prac na temat przynależności rękopisów do odpowiednich rodzin.
W maju 1873 miał udar mózgu, po którym już nigdy nie doszedł do siebie. Zmarł półtora roku później w Lipsku. Kontynuatorem jego prac został Caspar René Gregory[2].