Według współpracownika Stowarzyszenia Memoriał Leonida Nowaka w późniejszym miejscu egzekucji znajdowała się do rewolucji październikowej posiadłość ziemska Choroszawka z dworem. Położony był w brzozowym lasku w pobliżu stawu na rzeczce Ordynka. Po przewrocie bolszewickim właściciele majątku zostali wysiedleni, a na przełomie lat 20 i 30. XX w. dwór został przekształcony w obiekt specjalny OGPU. Jego nazwę "Kommunarka" zapożyczono od pobliskiego gospodarstwa pomocniczego OGPU. Na terenie specobiektu wzniesiono daczę dla Gienricha Jagody – wiceprzewodniczącego OGPU, od 1934 przewodniczącego OGPU, następnie ludowego komisarza spraw wewnętrznych (NKWD)[5]. Była to podmiejska rezydencja Jagody, gdzie spotykał się z kierownictwem NKWD.
5 kwietnia 1937 Jagoda został aresztowany przez NKWD, z daczy wywieziono ruchomości. Wobec trwających masowych egzekucji wielkiego terroru pobliski poligon strzelecki NKWD Butowo, gdzie NKWD dokonywało rozstrzeliwań był niewystarczający. W tej sytuacji następca Jagody Nikołaj Jeżow rozkazał przekazać jego daczę oddziałom egzekucyjnym. Od końca sierpnia 1937 służyła jako miejsce egzekucji, a przylegający teren był miejscem pochówku ofiar w anonimowych mogiłach zbiorowych.
Według danych Stowarzyszenia Memoriał w latach 1937–1941 w Moskwie NKWD rozstrzelało ok. 32 000 ludzi, z czego nie mniej niż 29 200 w latach 1937–1938 (dane z akt spraw przechowywanych w Archiwum Oddziału FSB w Moskwie i Centralnym Archiwum FSBFederacji Rosyjskiej). Z liczby 32 000 ofiar 20 763 rozstrzelano i pochowano na poligonie Butowo, kilkaset po skremowaniu na Cmentarzu Dońskim, pozostałych w Kommunarce. Byli to zarówno obywatele ZSRR różnych narodowości, jak i pochodzący z różnych państw cudzoziemcy. Jednym z zamordowanych był polski działacz komunistyczny i poeta Bruno Jasieński[6].
Ostatnia znana duża egzekucja na terenie Kommunarki została przeprowadzona 16 października 1941, w czasie ofensywy Wehrmachtu na Moskwę w ramach masakr więziennych NKWD 1941.
22 września 2007 na terytorium obiektu została poświęcona świątynia prawosławna pod wezwaniem Świętych Nowomęczenników i Wyznawców Rosyjskich w Kommunarce[8].
