Honda urodził się w Settsu. W piłkę zaczął grać w drugiej klasie szkoły podstawowej w miejscowym Settsu FC. Następnie zdecydował się grać dla szkoły Seiryo High School. Był jednym z najlepszych zawodników tej drużyny, a jego drużyna awansowała do półfinału mistrzostw szkół w Japonii[3].
Nagoya Grampus
Honda mógł dołączyć do Nagoyi Grampus, chociaż był jeszcze wtedy piłkarzem szkoły Seiryo High School. Po ukończeniu studiów w 2005 roku został oficjalnym zawodnikiem Nagoyi Grampus. W tej drużynie zadebiutował 5 marca 2005 roku w meczu J-League przeciwko JEF United Ichihara Chiba. Mecz zakończył się wynikiem (2:2), a Honda zszedł z boiska w 88. minucie[4].
VVV Venlo
16 stycznia 2008 roku podpisał 2,5-letni kontrakt z holenderskim VVV Venlo. Jego debiut w tym klubie miał miejsce 20 stycznia 2008 roku w meczu ligowym z PSV Eindhoven. Gra Hondy nie pomogła utrzymać się klubowi w Eredivisie na następny sezon. W sezonie 2008/09 w rozgrywkach Eerste divisie Honda w 36 meczach strzelił 16 bramek, walnie przyczyniając się do powrotu Venlo do najwyższej klasy rozgrywkowej w Holandii. W sezonie 2009/10 w ciągu rundy jesiennej w Venlo rozegrał 18 spotkań, w których strzelił 6 bramek. Były to jego ostatnie mecze w barwach klubu z Holandii, ponieważ na wiosnę grał już w rosyjskim CSKA Moskwa.
CSKA Moskwa
1 stycznia 2010 roku CSKA Moskwa poinformowała o pozyskaniu zawodnika. W CSKA Honda zadebiutował 12 marca 2010 roku w meczu z Amkarem Perm, w którym strzelił zwycięską bramkę[5]. Razem z moskiewskim klubem zdobył jedno mistrzostwo i dwa puchary kraju.
AC Milan
W styczniu 2014 został nowym piłkarzem A.C. Milanu[6]. W czerwcu 2017 roku Milan nie przedłużył wygasającego kontraktu z zawodnikiem. Łącznie dla Mediolańskiego klubu rozegrał 81 spotkań i strzelił 9 bramek.
FC Pachuca
W lipcu 2017 podpisał kontrakt z meksykańską drużyną CF Pachuca.
W listopadzie 2019 zaliczył powrót do holenderskiej Eredivisie i podpisał kontrakt z Vitesse. Jednak, po rozegraniu zaledwie czterech występów, został on rozwiązany[8][9].
Botafogo FR
W styczniu 2020 roku podpisał kontrakt z brazylijskim zespołem Botafogo FR. Zdobyta bramka w meczu ze Sport Club de Recife, uczyniła go pierwszym piłkarzem, który zdobywał gole aż na pięciu kontynentach.
Portimonense SC
W lutym 2021 roku podpisał kontrakt z zespołem ligi portugalskiej – Portimonense SC, jednak po pięciu dniach rozstał się z klubem, po tym jak okazało się, że nie będzie mógł zostać zgłoszony do rozgrywek.
.jpg)
