Jeziora niezwykle rzadko występują na powierzchni kontynentu Antarktydy i okolicznych wysp. Ze względu na panujące w Antarktyce temperatury, zbiorniki ciekłej wody zazwyczaj przez cały rok pokryte są lodem (wyjątkiem są niektóre jeziora hiperhalinowe). Życie w jeziorach powierzchniowych ogranicza się do mikroorganizmów, w nielicznych występują też skorupiaki[1].
Badania metodami geofizycznymi ujawniły istnienie złożonego systemu jezior i sieci rzecznej, ukrytej pod powierzchnią lądolodu Antarktydy. Część jezior położona jest pod kilkukilometrowej grubości warstwą lodu. Mimo to w tych podlodowcowych jeziorach występuje życie[2]; przypuszcza się, że żyjące tam organizmy mogły ewoluować w izolacji od świata zewnętrznego przez setki tysięcy lat[3].
Jeziora powierzchniowe
Dolina Taylora z powiększonym obrazem okolic jeziora Bonney
Nietypowy rodzaj jezior powierzchniowych spotykanych na Antarktydzie stanowią słodkowodne jeziora episzelfowe, położone pomiędzy lodowcem szelfowym a lądem stałym[5]. Zbiorniki te mają połączenie z oceanem, ale ich wody nie mieszają się; wypełniająca je słodka woda unosi się ponad gęstszą, słoną wodą oceaniczną. Największym z takich jezior na Antarktydzie jest Beaver Lake, położone na skraju Lodowca Szelfowego Amery’ego. Jezioro to jest ultra-oligotroficzne, jednak także tu występuje życie[1].
Jeziora podlodowcowe
Jeziora 90°E i Sowietskaja, widoczne z satelity jako nietypowo gładkie obszary lodu
Jeszcze inną grupę jezior na kontynencie stanowi ok. 400 jezior podlodowcowych, położonych pod lądolodem Antarktydy i niemających kontaktu z powierzchnią. W 2004 roku znanych było 145 takich zbiorników[6], odkrytych dzięki obserwacjom radarowym lub satelitarnym. W ciągu następnych siedmiu lat liczba ta wzrosła do 387[7], stwierdzono także istnienie pod lodowcem sieci rzecznej łączącej część jezior; obserwacje satelitarne ukazały także niespodziewaną dynamikę tego systemu hydrologicznego, w którym jedne zbiorniki wodne napełniają się kosztem innych[8].
3,5-kilometrowy odwiert prowadzący do warstwy lodu przesiąkniętej wodą z jeziora Wostok (2011)
Odkrycie jezior pod lodowcami Antarktyki skłoniło środowisko naukowe do rozważań nad możliwością istnienia w nich ekosystemów odizolowanych od powierzchni przed tysiącami lat. Próba dowiercenia się do jeziora Wostok, przeprowadzona przez rosyjski zespół w antarktycznym lecie 2010/2011, zakończyła się niepowodzeniem[7]. Wierceniom towarzyszyły obawy dotyczące skażenia środowiska wodnego naftą i freonami[10], a nawet możliwości wytryśnięcia wody na powierzchnię, ze względu na jej artezyjski charakter[11]. Ostatecznie badaczom udało się przebić powierzchnię jeziora w lecie 2011/2012[12]. Dla uniknięcia skażenia, końcowa część odwiertu została wykonana z wykorzystaniem gorącej wody. Będąca pod ciśnieniem woda z jeziora, zgodnie z przewidywaniami, wpłynęła do odwiertu i zamarzła; naukowcy pobrali z niej próbki do badań[12].
Pod koniec 2012 roku przeprowadzono próbę wiercenia, którego celem było pobranie próbek wody i osadów ze znacznie mniejszego Jeziora Ellswortha[7]. Brytyjskiemu zespołowi nie udało się jednak połączyć odwiertu głównego i pomocniczego, potrzebnego dla wyrównania ciśnienia i w tym sezonie misja została odwołana[13]. W tym samym sezonie letnim, w styczniu 2013 roku amerykański zespół badaczy pobrał próbki z Jeziora Whillansa i potwierdził występowanie w nich organizmów żywych[2].
