W 1975, kiedy Álvaro del Portillo stanął jako następca św. Josemaríi Escrivy, na czele Opus Dei, Echevarria został mianowany sekretarzem generalnym, które to stanowisko dotychczas sprawował Álvaro del Portillo. W 1982 wraz z erygowaniem Opus Dei jako prałatury personalnej, Echevarria został wikariuszem generalnym Prałatury.
W czasie kierowania Prałaturą Opus Dei (1994-2016) nastąpił dalszy wzrost liczby członków z 75.000 do 92.000. W tym okresie wyświęcił ponad 600 księży wywodzących się z szeregów Opus Dei[5][6] a także rozpoczęto pracę apostolską w 16 nowych krajach (1994 Litwa, 1996 Estonia, Słowacja, Liban, Panama i Uganda; 1997 Kazachstan; 1998 Afryka Południowa; 2003 Słowenia i Chorwacja, 2004 Łotwa; 2007 Rosja; 2009 Rumunia, Indonezja i Korea Połudn.; 2011 Sri Lanka[7]). W tym okresie miała miejsce kanonizacja założyciela Opus Dei, św. Josemarii Escrywy de Balaguera (2002), a także beatyfikacja Alvaro del Portillo (2014).
Echevarría dziewięciokrotnie odwiedził Polskę[8]. Zmarł 12 grudnia 2016 po kilkudniowym pobycie w szpitalu Policlinico Campus Biomedico w Rzymie z powodu zapalenia płuc[9]. Jego ciało spoczywa w krypcie Najświętszej Maryi Panny Królowej Pokoju, kościele prałackim Opus Dei w Rzymie[10].
Publikacje
Był autorem kilku książek i licznych publikacji. W języku polskim ukazały się:
Wspomnienie o świętym Josemarii Escrivie, założycielu Opus Dei – rozmowa z bp. Javierem Echevarrią, prałatem Opus Dei, Wydawnictwo Księży Marianów MIC, Warszawa 2006, ISBN 83-7502-056-7
Żyć Mszą Świętą, Polskie Wydawnictwo Encyklopedyczne POLWEN, Radom 2013, 191 s. ISBN 978-83-7557-127-1
