Urodził się w Mardin w imperium osmańskim w 1869 r. (prawdopodobnie 19 kwietnia) w skromnej i pobożnej rodzinie ormiańskich katolików jako czwarte z ośmiorga dzieci. Podczas chrztu otrzymał imię Choukrallah.
Już w dzieciństwie postanowił zostać kapłanem. W tym celu udał się na naukę do Libanu, gdzie studiował aż do święceń kapłańskich, które otrzymał w 1896 r. w uroczystość Bożego Ciała. Przyjął wtedy imię Ignacy, na cześć świętego z Antiochii, którego pragnął naśladować. Po półtorarocznym pobycie w Bzommar został posłany do Aleksandrii w Egipcie, gdzie pracował jako duszpasterz. We wrześniu 1901 r. został mianowany wikariuszem patriarchy w Egipcie i przeniósł się do Kairu. Następnie pełnił funkcję sekretarza ormiańskiego patriarchy Konstantynopola. Po rezygnacji poprzedniego arcybiskupa Mardin został mianowany jego następcą. 22 października 1911 r. w Rzymie, podczas synodu biskupów ormiańskich, otrzymał sakrę biskupią z rąk patriarchy Pawła Piotra XIII Terziana.
Po wybuchu I wojny światowej na terenie imperium osmańskiego rozpoczęły się prześladowania Ormian, oskarżanych o nielojalność. W tej sytuacji, aby uniknąć zaostrzenia napięć, w odpowiedzi na polecenie rządu biskupi zachęcali ludność ormiańską do pomocy w aprowizacji armii. Znalazło to uznanie w oczach sułtana, który w oficjalnym liście wyraził swoją wdzięczność abpowi Maloyanowi i abpowi Tappouniemu (biskupowi Kościoła katolickiego obrządku syryjskiego).
Jednakże rządzący ówcześnie ruch Młodych Turków parł do „ostatecznego rozwiązania kwestii ormiańskiej”. 1 maja 1915 r. arcybiskup Maloyan, w obliczu narastających prześladowań i coraz częstszych rewizji kościołów, w publicznym liście jeszcze raz wyraził swoją lojalność wobec władz, a diecezjan wezwał do wierności Stolicy Apostolskiej oraz trwania w wierze. W maju 1915 r. znane z okrucieństwa specjalne oddziały wojskowe Khamsines, na polecenie szefa policji, rozpoczęły masakrę ludności ormiańskiej. Gdy miejscowi dygnitarze namawiali arcybiskupa, aby ukrył się w górach, on odpowiadał: «Pasterz nie może porzucać swych owiec, by ratować własne życie».
Śmierć
3 czerwca 1915 r. na podstawie fałszywych zeznań oskarżono abp. Maloyana o przemyt broni i kontakty z Rosjanami. Kiedy jednak nie udało się ani udowodnić mu winy, ani zmusić do przejścia na islam, poddano go straszliwym torturom. Otrzymał wówczas rozgrzeszenie od kapłana, który był więziony w sąsiedniej celi. 9 czerwca pożegnał się w więzieniu ze swoją matką. W nocy 10 czerwca razem z grupą 417 więźniów został wywieziony do Diarbérkir, gdzie – jak poinformowano aresztowanych i mieszkańców miasta – mieli oni pracować przy naprawie dróg. 11 czerwca, kiedy dotarli do Ain Omar Agha, wybrano dziesięciu z nich, mówiąc, że będą uwolnieni. Sługa Boży zrozumiał wówczas, że czeka ich śmierć. Otrzymawszy pozwolenie od dowódcy oddziału Mamdouha aby przemówić do swoich wiernych, wezwał ich, by nie lękali się śmierci, a potem konsekrował chleb, udzielił współtowarzyszom generalnej absolucji i odpustu zupełnego oraz rozdał im komunię. Żołnierze Khamsines zamordowali ich wszystkich, a arcybiskupowi dowódca jeszcze raz zaproponował przyjęcie islamu. Według relacji naocznego świadka śmierci Malojan miał odpowiedzieć Nie zaprę się mej wiary chrześcijańskiej[1]. Kiedy abp Maloyan odmówił, Mamdouh zastrzelił go ze swojego pistoletu. Umierający arcybiskup zdążył powiedzieć: «Boże mój, zmiłuj się nade mną. W Twoje ręce oddaję ducha mego». Turecki lekarz wojskowy zapisał, że arcybiskup zmarł na zawał serca.
Beatyfikacja
7 października 2001 arcybiskup Ignacy Maloyan został beatyfikowany przez papieża Jana Pawła II podczas uroczystego nabożeństwa w Rzymie.
