Hrabstwo zajmuje powierzchnię całkowitą 1 808,20 km², z czego 1 807,48 km² to powierzchnia lądowa, a 0,73 km² (0,0%) to powierzchnia wodna.
W hrabstwie Pendleton znajduje się wierzchołek Spruce Knob, najwyżej położone miejsce w Wirginii Zachodniej o wysokości 1482 m n.p.m., a także Seneca Rocks, popularne miejsce wspinaczkowe.