Znane i nowe środki homeopatyczne zostały usystematyzowane w oparciu o układ okresowy pierwiastków. Wprowadzona przez Scholtena metoda klasyfikacji, zwana teorią pierwiastków chemicznych (The Element Theory), stała się standardem w homeopatii.
Pierwiastki chemiczne zostały podzielone na 7 serii i 18 stadiów. Każda seria odpowiada jednemu okresowi z układu Mendelejewa, charakteryzuje się odrębnym tematem życiowym/problemem i nosi nazwę najbardziej reprezentatywnego pierwiastka z danego rzędu:
Seria wodoru: wodór i hel – temat: nienarodzony, inkarnacja
Seria węgla: od litu do neonu – temat: indywidualność, rozwój osobowości
Seria złota: od cezu do radonu plus lantanowce – temat: przewodzenie, władza/niezależność, autonomia
Seria uranu: od fransu do plutonu i dalej – temat: schyłek życia, intuicja.
Stadia odpowiadają kolumnom układu okresowego, zostały ponumerowane od 1 do 18, od lewej do prawej strony. Stadia reprezentują poziom rozwoju danego tematu, od fazy początkowej, poprzez szczytowe stadium 10, aż do upadku.
Graficznie homeopatyczna teoria pierwiastków chemicznych została przedstawiona w postaci otwartej, rozszerzającej się spirali pierwiastków chemicznych, w której ostatni pierwiastek z każdej serii sąsiaduje z pierwszym pierwiastkiem kolejnej serii tworząc zakręcenie. Według Jana Scholtena spirala odpowiada rozwojowi samoświadomości.