W 1938 został zastępcą asystenta w Katedrze Geologii Uniwersytetu Jana Kazimierza we Lwowie. Podczas studiów był czasowo zatrudniony w koncernie Wspólnota Interesów Górniczo-Hutniczych. Pracę na uniwersytecie kontynuował podczas wojny (1939–1941), początkowo jako laborant w Zakładzie Paleontologii, a potem jako geolog w sowieckim przedsiębiorstwie Lwowuglerazwiedka przy rozpoznawaniu złóż węgla kamiennego nad górnym Bugiem. W 1942, podczas okupacji niemieckiej, został zatrudniony w Państwowym Instytucie Geologicznym (w filii Amt für Bodenforschung), najpierw we Lwowie, a następnie w Warszawie (1943–1944), na stanowisku geologa i starszego geologa.
Po wojnie, w listopadzie 1944, podjął pracę w Katedrze Zoologii Systematycznej Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie. Następnie, w kwietniu 1945, przeniósł się na Uniwersytet Warszawski do Zakładu Geologii, gdzie w latach 1945–1947 pracował jako starszy asystent, a w latach 1947–1954 jako adiunkt. Doktorat uzyskał w 1951 na podstawie pracy Fauna kelowejska z Łukowa, wykonanej pod kierunkiem Jana Samsonowicza i Romana Kozłowskiego.
W 1954 otrzymał tytuł docenta. Na tym stanowisku pracował do 1967, kiedy został mianowany profesorem nadzwyczajnym. W latach 1956–1957 pracował dodatkowo w Zakładzie Paleozoologii Polskiej Akademii Nauk.
W latach 1956–1958 był dziekanem Wydziału Geologii Uniwersytetu Warszawskiego, w latach 1958–1962 jego prodziekanem. W latach 1959–1980 był kierownikiem Katedry Geologii Historycznej, a następnie Zakładu Geologii Historycznej i Regionalnej. Jednocześnie w latach 1967–1979 był kierownikiem Studium Doktoranckiego. Wieloletni członek Polskiego Towarzystwa Geologicznego[1].
Henryk Makowski odkrył dymorfizm płciowy amonitów, przedstawiony w rozprawie „Problem of sexual dimorphism in ammonites”, opublikowanej w 1963.
Wiesław Barczyk, Henryk Makowski (1910–1997) prof. dr – geolog stratygraf, paleontolog, Wspomnienia o zmarłych profesorach i docentach, Księga pamiątkowa absolwentów Wydziału Geologii 1952–2002, s. 144–145, Stowarzyszenie Absolwentów Wydziału Geologii Uniwersytetu Warszawskiego, Warszawa 2002.
Jerzy B. Miecznik, Profesor Henryk Makowski, klasyk paleobiologii amonitów. Przegląd Geologiczny, vol. 62, nr 3, s. 134–138, Warszawa 2014.
