Jest jedną z trzech stacji w Gdyni, które obsługują również ruch regionalny, nie wykonywany przez SKM. Stacja posiada jedno przejście podziemne, łączące wszystkie perony i plac Dworcowy od południa z ulicą Orzechową na północy. Na stacji znajdują się kasowniki i tablice informacyjne z rozkładem jazdy SKM, a także automat biletowy i kiosk, w którym również można nabyć bilety. Przy placu Dworcowym, niedaleko wejścia do tunelu, znajduje się kasa biletowa SKM i PKP z rozkładem pociągów SKM i osobowych.
W godzinach szczytu jest to stacja końcowo-początkowa dla części kolejek SKM odjeżdżających w kierunku Gdańsk Główny. W 2014 zakończono modernizację dalekobieżnej części stacji. W 2017 roku rozpoczął się remont peronu 1 obsługiwanego przez Szybką Kolej Miejską, planowana jest też przebudowa placu Dworcowego i budowa pod nim podziemnego parkingu na 140 samochodów i 48 rowerów (szacowany koszt: 40 mln zł)[4]. W ogłoszonym w 2018 przez miasto przetargu złożono tylko jedną ofertę (Budimex) o wartości ponad 60,5 mln zł, wobec przewidzianego przez inwestora budżetu w wysokości 30,9 mln zł. W drugim przetargu, ogłoszonym w 2019, złożono 3 oferty (Budimex – 65,3 mln zł, Warbud – 54 mln zł i konsorcjum Roverpol i Rover Infraestructura – 45,7 mln zł) i ponownie najtańsza oferta okazała się o 10 mln droższa od wartości zamówienia oszacowanej przez zamawiającego[5], jednak tym razem Urząd Miasta zdecydował się na realizację inwestycji i we wrześniu 2019 podpisał umowę z wykonawcą[6]. Realizacja inwestycji o całkowitej wartości 88,4 mln zł[7] miała pierwotnie zakończyć się do końca 2020 roku[8], a następnie jesienią 2021[9], jednak z uwagi na wadliwe wykonanie parkingu podziemnego termin ten uległ kolejnemu przesunięciu[10], tym razem na koniec maja 2022[11].
Historia
W 1948 r. w pobliżu dworca funkcjonariusze Urzędu Bezpieczeństwa aresztowali dowódcę ZWZ i AK, generała Antoniego Hedę ps. "Szary". Wydarzenie upamiętnia umieszczona na ścianie budynku tablica, odsłonięta 11 października 2010 r.