Głęboki Potok spływa południowo-zachodnimi stokami Pienin Czorsztyńskich. Wypływa na południowych stokach głównej grani Pienin Czorsztyńskich i spływa w kierunku północno-zachodnim. Przepływa pod drogą z Krośnicy do Sromowiec Wyżnych, następnie zmienia kierunek na bardziej południowy i płynie doliną między Flakami a szczytami Ula, Piekiełko i Upszar[3]. Na pewnej długości stoki tej doliny są bezleśne; po lewej stronie znajduje się polana Podkira, po prawej łąka Łazy. Potok uchodzi z lewej strony do zbiornika Sromowce na wysokości 487 m. Ma kilka bardzo krótkich dopływów[1]. Dwa z nich to potoczki płynące dolinkami Duży Loch i Mały Loch[1].