Ukończył prawo w uniwersytecie w Salamance, po wstąpieniu do zakonu jezuitów w wieku 16 lat poświęcił się filozofii i teologii. W latach 1571–1580 nauczał w Segowii i Valladolid. Na wezwanie generała zakonu Everarda Mercuriana przybył do Rzymu, gdzie w 1580 r. objął katedrę teologii w Collegium Romanum. Po pięciu latach ze względu na stan zdrowia opuścił Rzym i przeniósł się do Alcalá de Henares, a w 1593 r. do Salamanki. W latach 1597–1616 wykładał na Uniwersytecie w Coimbrze, gdzie powstały jego największe dzieła.
Znany z surowego trybu życia i wielkiej świątobliwości. Erudyta i bardzo płodny pisarz. W opinii współczesnych uchodził za najwybitniejszego żyjącego filozofa i teologa, a jego twórczość inspirowała m.in. Kartezjusza i Leibniza.
Suarez uważany jest za twórcę teologii politycznej kontrreformacji. Jego poglądy służyły odnowieniu scholastyki, by stała się ona równorzędna z filozofią renesansową zwłaszcza na gruncie teologii i światopoglądu. Swoje spostrzeżenia zawarł w traktacie O prawach i Bogu jako prawodawcy (De legibus ac Deo legislatore) z 1612 roku.
Suarez uważał, że istnieje prawo natury, które stanowi podstawę prawa tworzonego przez ludzi. Głównym celem prawa powinno być dobro powszechne, rozumiane jako niewykluczające się dobro społeczeństwa i dobro jednostki. Ten pogląd widoczny jest także w spojrzeniu Suareza na stosunki pomiędzy państwami. Uważał, że każde państwo stanowi odrębny związek obywateli, który jednak należy do ogólnoludzkiej wspólnoty. Cele państwa nie powinny więc wykluczać się z dążeniami całej ludzkości.
Władza pochodzi od ludu, bowiem każdy człowiek jest naturalnie wolny i tylko on sam może zezwolić na sprawowanie nad nim jakiegokolwiek przymusu. Suarez dopuszcza istnienie każdego ustroju – pod warunkiem, że jest on sprawowany legalnie.
Filozof stwierdził jednak, że ponad wolą ludu i wybraną przez niego władzą zawsze znajduje się papież, którego rządy pochodzą bezpośrednio od Boga. Konstrukcja ta służyła umocnieniu pozycji kościoła i uzasadniała nie tylko potrzebę utrzymania przez państwa kontaktów z papiestwem, ale i konieczność ciągłego uznawania zwierzchnictwa władzy duchownej nad władzą świecką.
Stanisław Ziemiański SJ, Franciszek Suarez, Wydawnictwo WAM, Kraków 2004 (seria Wielcy ludzie Kościoła), ISBN 83-7318-404-X.
Paweł P. Wróblewski, Arystotelesowska nauka o nieskończoności w metafizycznej reinterpretacji Francisco Suareza. Zarys problematyki, [w:] Krzysztof Rzepkowski (red.), Aemulatio & Imitatio. Powrót pisarzy starożytnych w epoce renesansu, Instytut Filologii Klasycznej Uniwersytetu Warszawskiego, Warszawa 2009, ss. 87-100, ISBN 978-83-904104-8-7.
Krystyna Chojnicka, Henryk Olszewski, Historia doktryn politycznych i prawnych. Podręcznik akademicki, Ars boni et aequi, Poznań 2004, ISBN 83-87148-60-1.