Zespół powstał jako HASK. W Późniejszych latach był znany jako Lokomotiva, Rudar, Industrijalec i Jugokokta. Makedonija obecną nazwę otrzymała w sezonie 1989/1990 na cześć Dźorcze Petrowa – rewolucjonisty uważanego za ważną postać w historii Macedonii.
W sezonie 2001/2002 znów spadli do II ligi. Powrócili po 3 sezonach i w sezonie 2005/2006 zdobyli tytuł wicemistrza kraju. W tym samym roku piłkarze Makedoniji zdobyli puchar Macedonii, wygrywając w finale z zespołem Shkëndija 79 Tetowo 3-2. Rok później byli na 3. miejscu w lidze.
Sezonem dotąd najbardziej obfitującym w sukcesy był sezon 2008/2009. Makedonija została mistrzem Macedonii i po raz pierwszy zagrała w eliminacjach Ligi Mistrzów. „Lwy” doszły także do finału Pucharu Macedonii, gdzie lepszy po karnych okazał się zespół Rabotniczki Skopje.
Q – runda eliminacyjna, 1/16, 1/8, 1/4, 1/2 – odpowiednia faza rozgrywek, Grupa – runda grupowa, 1r gr – pierwsza runda grupowa, 2r gr – druga runda grupowa, F – finał, R – runda, PO – play-off
k. – rzuty karne, los. – losowanie, Dogr. – dogrywka, w. – zasada bramek strzelonych na wyjeździe