Szlak E3 w Polsce składa się z 2 odcinków: sudeckiego i karpackiego. Pierwszy prowadzi przez większość pasm górskich Sudetów z Jakuszyc (koło Szklarskiej Poręby) do Boboszowa (koło Międzylesia). Jest znakowany kolorem niebieskim (jedynie odcinki łącznikowe prowadzące do granicy państwa kolorami zielonym i żółtym ). Długość tego etapu to ok. 300 km.
Odcinek karpacki jest połowę krótszy, z długością około 160 km.