Pełne odrodzenie życia religijnego na Zakarpaciu było możliwe dopiero po upadku ZSRR. Po 1991, gdy zwierzchnikiem eparchii mukaczewskiej był arcybiskup Eutymiusz (Szutak), ponownie otwartych zostało dziesiątki cerkwi. W 1994 eparchia została podzielona na: mukaczewską i użhorodzką oraz chustską i wynohradowską[5].
Podział administracyjny
W 2010 na terytorium eparchii działało 290 parafii obsługiwanych przez 265 duchownych[5]. Funkcjonowały one w ramach dziewięciu dekanatów[7]. W 2015 w skład eparchii wchodziło 12 dekanatów: berehowski, irszawski, mukaczewski miejski, mukaczewski rejonowy, pereczyński, seredniański, swalawski, użhorodzki miejski, użhorodzki rejonowy, wielkoberezieński, wielkołuczkowski i wołowiecki[1].
W 2015 czynnych było również 15 klasztorów, w których zamieszkiwało ponad 200 mniszek i mnichów[5]. Były to następujące monastery[8]:
