Następnie, poprzez Indie dotarł w 1689 r. do Batawii (obecna Dżakarta) i kolejno do Japonii, gdzie przebywał w latach 1690-1692, jako lekarz załogi holenderskiej faktorii na sztucznej wysepce Dejima w zatoce Nagasaki. W czasie swojego tam pobytu prowadził badania przyrodnicze i zapoznawał się z życiem i ustrojem tego nieznanego Europejczykom kraju. Wyniki jego prac zostały opublikowane w kilku językach po jego śmierci[3].
W 1695 r. powrócił do Europy i osiadł w swoim rodzinnym mieście Lemgo.