Już w połowie lat 70. nawiązał współpracę z trójmiejskim zespołem „Rama111”, gdzie grał dixielandowe utwory na saksofonie altowym i klarnecie. W 1980 założył zespół jazzu tradycyjnego „Seaside Dixieland”, który na Międzynarodowym Festiwalu Jazzu Tradycyjnego Old Jazz Meeting "Złota Tarka" w Warszawie zdobył wyróżnienie, a Emil Kowalski został uznany za najlepszego instrumentalistę tej imprezy. Z zespołem wystąpił w Finlandii i Niemczech.
Wziął udział w festiwalu VI Komeda Jazz Festival w Słupsku (2000).
Podczas swojej 30-letniej działalności artystycznej wystąpił w ponad trzydziestu krajach, współpracując z tak znakomitymi muzykami jak: Buddy De Franco, Brad Terry, Eddie Henderson, Phyllis Hyman, Adrian West, Lean Williams, Ed Schuller czy Bob Mayer.
W prestiżowej ankiecie czytelników czasopisma „Jazz Forum” od 1999 nieprzerwanie zajmował pierwsze miejsce, jako najlepszy polski klarnecista jazzowy[2].
W 1999 nagrał autorską płytę Children of Bird poświęconą Charliemu Parkerowi – bardzo dobrze przyjętą przez krytykę jazzową. Kolejne jego projekty to "Kolędy" (2002) i "Emil Kowalski playing Benny Goodman" (2003). Był także współautorem dziesięciu innych płyt, a ostatnim jego projektem autorskim była adaptacja na grunt muzyki jazzowej utworów Wolfganga Amadeusa Mozarta, w tym Marsza tureckiego, głównego tematu Symfonii g-moll, tematu wariacji z I części Sonaty A-dur (KV 331), motetu Ave Verum Corpus (KV 618) oraz II i III części Koncertu klarnetowego A-dur (KV 622)[3].
Children of Bird (1999). Emil Kowalski -, klarnet, Leszek Możdżer – fortepian, Cezary Paciorek – akordeon, Janusz Mackiewicz – kontrabas i Adam Czerwiński – perkusja
KOLĘDY (2002). Emil Kowalski – clarinet, Dominik Bukowski – vibraphone, Janusz Mackiewicz – double bass.
Emil Kowalski – Playing Benny Goodman... (2003). Emil Kowalski – clarinet, Cezary Paciorek – accordion, Sławomir Jaskułke – piano, Dominik Bukowski – vibraphone, Janusz Mackiewicz – double bass, Tomasz Sowiński – drums. Utwory: 1. Air Mail Special, 2. Stompin At The Savoy, 2. Moonglow, 3. Diga Diga Doo, 4. Benny's Buggle, 5. The World Is Waiting For The Sunrise, 6. Ev'ry Time We Say Goodbye, 7. I've Got Rythm – Passport, 8. After You've Gone
Płyty innych twórców z udziałem E.Kowalskiego
Droga do Ciebie. Jazzmani Janowi Pawłowi II (1999). Leszek Dranicki, Maciej Sikała, Wojciech Staroniewicz, Sławomir Jaskułke, Tomasz Sowiński, Piotr Lemańczyk, Grzegorz Nagórski, Cezary Paciorek, Janusz Mackiewicz, Adam Czerwiński, Emil Kowalski.
Sanktoria (2002). Emil Kowalski – clarinet, bass clarinet; Dariusz Herbasz – tenor sax; Piotr Lemańczyk – bass; Tomasz Sowiński – drums. Utwory: 1. Sanktoria; 2. E.D.P.T.; 3. Sen o św. Ptaku; 4. Tryptyk; 5. Świtanie
Offshore (2000). Maciek Grzywacz – gitara, Olo Walicki – bass, Emil Kowalski – clarinet, clarinet bass. Utwory: 1. Kalimba, 2. Offshore, 3. Beatrice, 4. Say the brothers name, 5. Blue in green, 6. Yellow, 7. Yesterdays, 8. Felux
SHALOM (2002). Cezary Paciorek – akordeon, Emil Kowalski – klarnet, Sławomir Jaskułke – piano, Janusz Mackiewicz – bass, Tomasz Sowiński – perkusja. Utwory hebrajskie oraz kompozycje C.Paciorka utrzymane w stylistyce jazzowej, czasem transowej, z nawiązaniami do żydowskiej kultury muzycznej.
Russian Music Julia Vikman "Moscow Nights"(2008)[6]. Julia Vikman – arrangements, vocal, back vocals, keyboards, Andrey Vasilyev – drums, Tomasz Nowik – bass guitar, Emil Kowalski – clarinet, Jarogniew Dąbrowski – violin, Krzysztof Zakrzewski – saxophone, Zenon Miluski – el. Guitar, Stanisław Zubel – accordion, Janusz Mackiewicz – contrabass.
Jazz Chill & Cafe – dwupłytowy album z udziałem czołowych wykonawców polskiego jazzu (2010). Jan Ptaszyn Wróblewski, Emil Kowalski, Cezary Paciorek, Dominik Bukowski, Hanna Banaszak, Bernard Maseli, Sławomir Jaskułke, Piotr Lemańczyk, The Globetrotters.
Udział w nagraniu muzyki do filmu
Piotrek zgubił dziadka oko, a jasiek chce dożyć spokojnej starości – polski serial tv dla dzieci, młodzieży (2001). Wyróżnienie na Festiwalu Filmów dla Dzieci w Poznaniu (2001)[7]