Columbia Heights powstało jako wieś 14 marca 1898, oddzielając się od miasta Fridley. 21 lipca 1921 miejscowość uzyskała prawa miejskie. Obecnie miasto jest lokalnym ośrodkiem kultury, posiada własny teatr, a w 2006 roku gościło festiwal muzyki metalowejHeathen Crusade.
Jest miastem partnerskim polskiego miasta Łomianki.