Malował historie mitologiczne i religijne w rozbudowanym krajobrazie, z masywnymi, silnie poruszonymi i gestykulującymi postaciami. Tworzył też portrety oraz akwaforty przedstawiające pejzaże i bitwy morskie.
W Polsce znajdują się dwa obrazy Moeyaert'a: w Muzeum Sztuki w ŁodziJakub rozpaczający nad zakrwawionymi szatami Józefa (nr inwentarzowy MS/SO/M/80 (831)) z 1624 i w Muzeum Narodowym w WarszawieWskrzeszenie Łazarza (nr inwentarzowy M.Ob.557) z 1654.