Águila założony został 15 lutego1926 roku, a pierwszym prezydentem klubu został Victor Vanegas. Na początku klub promował głównie baseball, a dopiero potem piłkę nożną i koszykówkę. Piłka nożna stała się główna dyscypliną dopiero po 1956 roku. Trzy lata później było już pierwsze mistrzostwo kraju. Dziś klub jest jednym z najsilniejszych w Salwadorze i ma także duże uznanie wśród krajów CONCACAF.