Podczas intifady Al-Aksa w 2000 podjęto decyzję o włączeniu brygady w działania antyterrorystyczne na Zachodnim Brzegu i w Strefie Gazy, przydzielając batalionom kolejne palestyńskie miasta[1]. Po rozwiązaniu w 2003 roku 500 Brygady Pancernej (Kfir), większość jej żołnierzy przeniesiono do Brygady 90 Batalionów. W dniu 6 grudnia 2005 bataliony skonsolidowano w jednej regularnej brygadzie piechoty, która od tej pory była nazywana Brygadą Kfir. Jej żołnierze przechodzą standardowe szkolenie piechoty, a następnie dodatkowe szkolenia z walki w terenie miejskim, znajomości języka arabskiego i inne kursy zbliżone do sił specjalnych. Aby przyciągnąć rekrutów, postanowiono zorganizować system naboru żołnierzy do brygady w ten sposób, że zdają oni testy do jednostek sił specjalnych Sayeret Oketz i Sayeret Lotar. Ci, którzy nie dostaną się do Sayeret, stają się żołnierzami Brygady Kfir. W lutym 2007 ukończono proces szkolenia i konsolidacji batalionów w brygadzie. Obecnie[kiedy?] brygada wykonuje około 70% działań specjalnych i aresztowań na Zachodnim Brzegu[2].
90 batalion (Nahshon) – stanowi wsparcie operacyjne Brygady Terytorialnej Efraim i odpowiada za rejon miast Tulkarm i Kalkilja w zachodniej części Samarii.
92 batalion (Shimshon) – stanowi wsparcie operacyjne Brygady Terytorialnej Etzion i odpowiada za rejon miasta Betlejem w północnej Judei.
93 batalion (Haruv) – stanowi wsparcie operacyjne Brygady Terytorialnej Samaria i odpowiada za rejon miasta Nablus w centralnej części Samarii.
94 batalion (Duchifat) – stanowi wsparcie operacyjne Brygady Terytorialnej Benyamin i odpowiada za rejon miasta Ramallah w południowej części Samarii.
96 batalion (Lavi) – stanowi wsparcie operacyjne Brygady Terytorialnej Judea i odpowiada za rejon miasta Hebron w centralnej części Judei.
97 batalion (Netzah Jehuda) – stanowi wsparcie operacyjne Brygady Terytorialnej Jordan Valley i odpowiada za rejon miasta Dżanin w północnej części Samarii.
