Ojciec Borysa, Aleksander Karnicki, był dowódcą 2 Zaamurskiego pułku kawalerii armii carskiej, a następnie generałem dywizjiWojska Polskiego. Jego starszy brat – Jerzy Karnicki – był oficerem-lotnikiem; zginął w 1930 w wieku 25 lat w katastrofie lotniczej na warszawskiej Woli[1].
Borys Karnicki ukończył w roku 1927 szkołę średnią w Bydgoszczy, a w roku 1930 Szkołę Podchorążych Marynarki Wojennej (piąta lokata). Następnie służył na torpedowcuORP „Podhalanin”, jako oficer flagowy dywizjonu szkolnego, a także jako oficer wachtowy na okrętach podwodnych ORP „Żbik”, ORP „Ryś” i ORP „Wilk”. Ponadto był oficerem sztabu Dowództwa Floty. Był słuchaczem Kursu Oficerów Artylerii Morskiej (w tym 4-tygodniowa praktyka we Francji) i Kursu Oficerów Podwodnego Pływania[1]. O życiu w Gdyni w tamtych latach pisał:
Życie na Wybrzeżu i w Gdyni było latem bardzo ożywione. Letnicy z całej Polski roili się i każdy mundur marynarski był dla nich wielką atrakcją. Ale jesienią zimą i wiosną budująca się Gdynia nie była tak atrakcyjna, (...) najczęściej szło się do kasyna oficerskiego na Oksywiu. Grało się w bilard albo w brydża, a potem pan Józef robił kolację, przeważnie kaszankę z kiszoną kapustą. Jeśli do kolacji zasiadało nas mniej niż czterech, zapraszało się portret jednego z naszych przodków morskich z kolekcji wiszącej na sali balowej. A więc kapra Dickmana albo dowódcę armady Krzysztofa Arciszewskiego. Popiersie zaproszonego gościa stawiało się na krześle i wtedy wyglądał on jak żywy. Myśmy do kolacji pili wódkę, a zaproszony dostawał kieliszek kolorowego likieru. Przyjemnie było patrzeć jak Krzysztofowi Arciszewskiemu likier skapywał z brody na dublet...
Borys Karnicki, Marynarski worek wspomnień
Na „Wilku” i „Sokole”
W chwili wybuchu wojny był zastępcą dowódcy ORP „Wilk”[2]. Po bezowocnych działaniach na Bałtyku okręt przedarł się przez Cieśniny Duńskie i Morze Północne do Szkocji. Od tego wydarzenia minęło wiele miesięcy, a załoga okrętu nie miała się czym poszczycić. Morale było niskie[3]. W czerwcu 1940 roku „Wilk” pod jego dowództwem staranował inny okręt podwodny. Zastępcą dowódcy był wówczas kpt. Bolesław Romanowski. Oto jego relacja:
Zderzenie nastąpiło w momencie, gdy kiosk jego zniknął pod wodą. Trafiliśmy dziobem i dolną częścią kadłuba w jego górną część kadłuba pod kioskiem, naszymi śrubami mogliśmy zahaczyć o kiosk niemieckiego okrętu. Jeśli uszkodziliśmy jego kadłub, sztywny Niemiec na pewno został zatopiony, kto zresztą wie, czy uderzając w jego burtę nie wywróciliśmy go do góry stępką. W każdym razie Niemiec manewr zanurzenia skończył dopiero na dnie.
Przypuszczano, że mógł to być niemiecki U-102 lub U-122 (oba zaginęły w czerwcu lub lipcu), jest jednak również prawdopodobne, że staranowany został holenderski O-13, który zaginął w okolicach sektora patrolowanego przez „Wilka”, lub wrak (pojawiły się też spekulacje, że mogła to być urwana boja[5]). H.R. Bachmann i Jerzy Pertek, a za nimi Mariusz Borowiak odnotowali, że w dzienniku pokładowym „Wilka” nie ma wzmianki o staranowaniu U-Boota[6].
W tym samym czasie, gdy stało się jasne, że ORP „Orzeł” został bezpowrotnie stracony, Royal Navy postanowiła przekazać jeden z wybudowanych właśnie okrętów podwodnych Polakom. Z załogi „Wilka” wydzielono część mającą stać się szkieletową załogą okrętu, który otrzymał nazwę „Sokół”. Jego dowódcą został kpt. Borys Karnicki[7].
W okresie od stycznia 1941 do końca lipca 1942 roku ORP „Sokół” przeprowadził wiele działań bojowych, takich jak blokowanie Brestu, operacje na obszarze Morza Śródziemnego w oparciu o bazę na Malcie, atak na bazę nieprzyjacielską w Navarino, za co gen. Władysław Sikorski udekorował Karnickiego Orderem Virtuti Militari (odpiął go z własnej piersi)[8].
„Sokół” i drugi polski okręt podwodny operujący w basenie Morza Śródziemnego, ORP „Dzik”, zyskały (ze względu na osiągnięcia) miano terrible twins (strasznych bliźniaków), jednak – co wyszło na jaw po wojnie – niezasłużenie[9].
Ostatnie lata
Po powrocie „Sokoła” do Anglii Karnicki został, jako komandor podporucznik, skierowany do pracy w Kierownictwie Marynarki Wojennej. Po wojnie pozostał na emigracji. W roku 1983 reprezentował Stowarzyszenie Marynarki Wojennej na uroczystości poświęcenia Panteonu Pamięci Marynarki Wojennej na Oksywiu. Został wybrany członkiem honorowym Bractwa Okrętów Podwodnych Ligi Morskiej[10].
Był autorem książki Marynarski worek wspomnień (Wydawnictwo Ministerstwa Obrony Narodowej, Warszawa 1987, ISBN 83-11-07453-4).
Urnę z prochami zmarłego komandora przywiozły do kraju żona i córki. 6 maja 1985 roku w porcie wojennym na Oksywiu odbyła się specjalna uroczystość żałobna, w czasie której zmarłemu oddano honory wojskowe. Spoczął na Cmentarzu Oksywskim w Gdyni[11].