Urodził się 8 października 1550 roku w Madrycie, jako syn Francisca Zapaty de Cisnerosa i Maríi Clary de Mendozy[1]. Studiował na Uniwersytecie w Salamance, gdzie uzyskał licencjat z prawa kanonicznego[1]. Po przyjęciu święceń kapłańskich został kanonikiem kapituły i inkwizytorem w Toledo[1]. 17 sierpnia 1587 roku został wybrany biskupemKadyksu, a w listopadzie przyjął sakrę[2]. W 1596 roku został przeniesiony do diecezji Pampeluny[2]. Trzy lata później został członkiem Rady Stanu, jednak nie wypełniał wówczas swoich obowiązków, gdyż przebywał w Rzymie[1]. W 1600 roku został wybrany arcybiskupemBurgos[2]. 9 czerwca 1604 roku został kreowany kardynałem prezbiterem i otrzymał kościół tytularny San Matteo in Merulana[2]. W tym samym roku zrezygnował z zarządzania archidiecezją, a wkrótce potem został protektorem Hiszpanii[1]. W okresie 1620–1622 był wicekrólem Neapolu, a w 1627 roku został inkwizytorem generalnym Hiszpanii[1]. Zmarł 27 kwietnia 1635 roku w Madrycie[1].
