Po wybuchu II wojny światowej został aresztowany i osadzonu w Stuthofie. Po zwolnieniu z obozu, okres wojenny początkowo spędził z rodziną w Lipnicy Murowanej, gdzie w tajnym nauczaniu uczył matematyki i fizyki. W 1944 osiadł w Krakowie, gdzie pracował jako urzędnik.
Ledóchowski był autorem m.in. pierwszych w niepodległej Polsce podręczników do nawigacji: „Astronomia żeglarska” (1928), „Tablice nawigacyjne” (1933), „Kurs nawigacji” (1942), „Astronawigacja”, „Dewiacja kompasu”.
Był dwukrotnie żonaty: od 29 czerwca 1919 z Matyldą Warnesius (1894–2000), miał syna Mieczysława (1920–2017), później od 1945 z Zofią Woźny miał trzech synów: Wincentego (ur. 1946), Huberta (ur. 1947) i Włodzimierza (ur. 1949).
Postać kapitana Ledóchowskiego doczekała się monografii – Franciszek Semer: Kapitan Żeglugi Wielkiej Antoni Halka-Ledóchowski „Dziadek”, Wydawnictwo MER Rekowski, Gdańsk 2005[3].
Poczta Polska wyemitowała 21 lipca 1980 r. znaczek pocztowy przedstawiający MS Zenit o nominale 6 złotych. Autorem projektu znaczka był prof. Stefan Małecki. Obok statku na znaczku widniał portret kpt. Antoniego Ledóchowskiego. Znaczek pozostawał w obiegu do 31 grudnia 1994 r.[6].