Anton Eichhorn urodził się w 1809 roku w Piszewie koło Jezioran jako syn zamożnego chłopa Alberta i Katarzyny z domu Niesewandt. Uczęszczał do szkoły miejskiej w Jezioranach, następnie w latach 1820–1824 do progimnazjum w Reszlu. W latach 1824–1828 uczył się w gimnazjum w Braniewie, gdzie pozostawał pod wpływem znanego pedagoga Johanna Schmüllinga (1774–1851), reformatora szkolnictwa braniewskiego. Po uzyskaniu matury w 1828 kontynuował naukę w Liceum Hosianum, w którym w latach 1828–1832 studiował filozofię i teologię. Był uczniem wybitnego teologa prof. Johanna Busse (1788–1835), wykładającego historię Kościoła, prawo kościelne i języki bliskowschodnie.
3 czerwca 1832 otrzymał święcenia kapłańskie z rąk biskupa Józefa von Hohenzollerna, następnie przez prawie dwa lata był wikarym w katedrze św. Mikołaja w Elblągu, po czym został wysłany na studia do Berlina, gdzie uzyskał doktorat z filozofii (26 kwietnia 1835[2]). Po powrocie do Braniewa uczył religii w szkołach miejskich. W 1838 został mianowany profesorem zwyczajnym w Liceum Hosianum, w którym wykładał historię Kościoła, prawo kościelne i egzegezę Pisma Świętego. W kadencji 1851–1854 był wybrany na rektora tejże uczelni. W marcu 1852 roku przeniósł się do Fromborka. Od kwietnia 1867 był dziekanem katedry we Fromborku.