Studiował w Paryżu i pod wpływem Jeana-Martina Charcota zdecydował się wówczas poświęcić neurologii. Otrzymał doktorat w Paryżu w 1873, został médecin des hôpitaux w 1879, a w następnym roku przyjęto go jako agrégé. W Salpêtrière zaczął pracować w 1885, a od 1893 do śmierci w 1908 był profesorem psychiatrii klinicznej, wykładającym w Asile St.-Anne. W 1891 odznaczony Legią Honorową.
Dorobek naukowy
Badał jamistość rdzenia i, wspólnie z Charcotem, opisał w 1869 zanik komórek rogów przednich rdzenia w poliomyelitis. Zajmował się także wpływem alkoholu na porażenie postępujące. Opisał odruch, znany niegdyś jako odruch Joffroya, i szereg objawów również związanych z jego nazwiskiem, z których najbardziej popularny jest objaw oczny.
Wybrane prace
De la pachyméningite cervicale hypertrophique. Paryż, 1873
De la médication par l' alcool. Paryż, 1875
De l’influence des excitations cutanées sur la circulation et la calorification. Paryż, 1878
J. M. Charcot, A. Joffroy: Deux cas d’atrophie musculaire progressive avec lésions de la substance grise et des faiseaux antérolatéraux de la moelle épinière. Archives de physiologie normale et pathologique 1869, 2: 354-367
Des différentes formes de la broncho-pneumonie. Paryż, 1880
Nature et traitement de goître exophtalmique. Paryż, 1894
Fugres et vagabondage (z R. Dupouyem). Paryż, 1909
